封面
变化：标准删除了标准的英文名称
解读：这是2012年之后的固定做法。
变化：修改了发布单位名称，由“中华人民共和国卫生部”改为“中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会”和“国家食品药品监督管理总局”
前言
变化：写的比较明确，替代的各标准以及标准的主要变化都写了。
没有写出来的变化是修改了图1 大肠菌群MPN计数法检验程序和样品的稀释方法。
另外以往历次版本全部被删掉了，这点与2010版不同。
1 范围
变化：修改了第二段适用范围。这样能够方便使用者明确标准适用的范围。
存在的问题：目前其他多数食品安全国家标准的制定者们还不明确这一点，看看已经公布的《包装饮用水》等等多数食品安全国家标准中，大肠菌群的检验都选择了第二法，实际上灵敏度根本达不到要求。
2 术语和定义
变化：仅仅是把英文名的首字母大写了。
3 检验原理
变化：2016版新增章节。
存在的问题：
3.1 “应用统计学概率论推算出待测样品中大肠菌群的最大可能数。”这句话有点小问题。建议应该描述为：应用统计学概率推算出待测样品中大肠菌群的最可能数。
3.2 平板计数法的描述不像是解释检验原理，因为这句话看起来仅仅是描述形成典型菌落的原理。
5 培养基和试剂
变化：将原来每个英文单词大写的首字母，改成了小写。
解读：这才符合英文的习惯用法。
变化：分别删除了氢氧化钠溶液和盐酸溶液前面的“无菌”两个字。
6 检验程序
变化：在图1里面，将LST肉汤初发酵培养时间由48 h±2 h改为24 h～48 h。
解读：这样才跟正文中间规定的两次观察时间能够吻合。
存在的问题：最后一个框图中，报告结果改成了结果报告，还是与其他GB 4789系列标准都是规定为“报告”不一致。
7 操作步骤
变化：7.1.2 增加了“或其它无菌容器中充分振摇或置于机械振荡器中振摇”。
解读：这样的修订，满足了一般实验室常常使用漩涡混合仪等等手段混合液体样品的需求。
变化：7.2 在复发酵试验后面增加了“证实试验”四个字。但是后面48 h的那个复发酵试验，又没有增加。
变化：7.3 复发酵试验
增加了“证实试验”作为标题。跟前面对应。
变化：7.4 将确证的大肠菌群LST阳性管数改为BGLB阳性管数。
解读：这样是跟实际操作情况相一致的。
8 检验程序
变化：第二法图2第三个框图中，将“接种VRBA平板”修改为“倾注VRBA平板”
解读：这样的描述明显更为明确。
9 操作步骤
9.2 没有改动。
但是有两个遗留问题：
9.2.1“同时取1 mL生理盐水加入无菌平皿做空白对照。”这里规定使用生理盐水明显不符合实际情况，因为也可能使用磷酸盐缓冲液。应该描述为同时取1 mL无菌稀释液加入无菌平皿做空白对照。
9.2.2 在（VRBA）后面多了一个“约”字。这是2010版本就错误的地方，这次还没有修改。
变化：9.3 增加了“（如菌落直径较典型菌落小。）”和“最低稀释度平板低于15 CFU的记录具体菌落数。”
解读：现在这样的描述当然是更细致了，但是还是缺少平板菌落数超过150 CFU的情况该如何选择的描述。
存在的问题：老问题是CFU这个缩略语出现太突兀，没有说明这个缩略语的含义。
变化：9.4 增加了“少于十个菌落的挑取全部典型和可疑菌落。”
解读：这个条款的常见问题在于，多数实验室挑取10个典型和可疑菌落的比例，并没有按照在平板上观察到的典型和可疑菌落比例进行，会导致最终换算结果出现大的偏差。
变化：9.5 增加了“若所有稀释度(包括液体样品原液)平板均无菌落生长，则以小于1乘以最低稀释倍数计算。”
建议：这里还应该加上，包括证实实验，菌落均不是大肠菌群阳性的。
附录
变化：附录A 主要是文本格式修改，把培养基的pH放在制法里面了。
存在的问题：
但是，关于LST肉汤和BGLB肉汤，因为含有乳糖，使用121℃高压15 min是否会分解乳糖导致结果假阳性，还需要进一步证实。
规定VRBA融化并恒温至45℃～50℃倾注平板。按照惯例，45℃温度太低了，琼脂常常部分凝固，描述为46℃～50℃比较合适。
存在的问题：
A.4 磷酸盐缓冲液与前面章节中“5.4 无菌磷酸盐缓冲液”，名字不一致，差了“无菌”两个字。并且跟A.5 无菌生理盐水的写法不一致了。
变化：A.6和A.7试剂名称和制法都有修订，不仅是描述更为准确了，而且删除了必须121℃高压灭菌的步骤，避免了盐酸等腐蚀性化学物质的挥发。
附录B 仅仅有文本格式有修改。
总结
总体说来，这个2016版本大肠菌群计数检验方法标准的最大问题，在于还是缺少对于多个稀释度的选择方法，也就是GB 4789.39-2013附录B那样明确的规定，让检验机构有据可查。
