交叉污染，是指在食品的生产加工、贮存或运输和销售过程中，原辅料、中间产品、待包装产品、成品中的生物的、化学的污染物或异物通过加工产品、食品加工者、食品加工环境或工具把转移到后工序产品的过程。
工厂的合理选址
1.厂房地理需要控制的原则性要求，进行风险防范，避免周围环境的影响，远离污染源。例如：铁路、码头、机场、火电厂、垃圾处理场等等。
2.厂房建筑布局应考虑风向的影响，锅炉房、产尘车间等潜在污染源应位于下风向， 保持整洁的生产环境。
3.厂房、设施的设计和安装应当能够有效防止昆虫或其它动物进入，避免所使用的灭鼠药、杀虫剂、烟熏剂等对设备、物料、产品造成污染。
4.车间废水排放应按清洁区→一般作业区→污水处理的流程排放，并且废水直接排入水沟中，不能造成地面积水。
车间的功能合理设计
功能间在设计和改造前与有关部门和专家进行探讨，做到加工工艺布局合理，功能区内外没有污染源。
1.设备布局要求系列化,各生产环节按食品的制作程序进行,不得使后工序的产品返回前工序,以防止待加工食品（原料、半成品）污染成品。
2.注意人流、物流、水流和气流的走向，要从高清洁区到低清洁区，要求人走门、物走传递口。
3.做到物理隔离：
a.加工：加工工序或生熟之间完全隔离。
b.贮存：原料、辅料、成品分开存放。
c.清洗消毒间和加工间分开。
d.用于食品加工的所有加工器具和设备的材料易于清洗消毒。
生产加工过程严格管理
进入生产区的人员（包括生产操作人员、设备维修人员、质监员、参观人员等）应严格遵守个人卫生管理规程。
不同清洁作业区的人员不得相互串岗，只能从高清洁区到低清洁区；
原料、辅料、半成品、成品在加工、包装、贮存的过程中要严格分离；低风险区的原料处理不得放在高风险区处理；内包装不允许直接接触地面，应放置在洁净、干燥的仓库内、地面要求加放垫板。
生产和清洁过程中不得使用易碎、易脱屑、易发霉器具；应加以区别并有标志,专人专用，食品容器必须放置离地面10厘米以上。
各工序使用的器具不得混用，并分开清洗；清洗干净的容器、筐等要单独存放。
用于制造、加工、调配等设施和器具在使用前确认其已经过清洁消毒。 清洁时应特别注意缝隙、死角、边缘等易积尘的部位。车间清洗打扫时应从净到脏，从天棚到地面。冲洗地面、墙壁或设备时，防止污水溢溅污染食品及食品接触面。
不同洁净区域的工作服应分别洗涤，不得混用，不得穿离相应级别的洁净区。
废弃物合理存放及时处理
1.加工过程中产生的废品要装在有明显标识的专用废弃物容器内，及时倾倒处理。
2.加工区域以外的垃圾存放容器应带有遮盖，不允许暴露存放。
3.加工间废弃物和生活垃圾应当日清理出厂区，不得回收。存放点须定期清理、消毒和杀虫灭鼠。
4.垃圾存放容器和存放区域要经常消毒，保持一定的清洁度。
