这种比较遵循了一种正式的过程，在这种过程中，改良食物的浓度与原作的未经修饰的作物相比较。如果转基因食品的特定化合物浓度更高，但浓度仍在原始作物的范围内，那么它就被认为是安全的。
为了解决消费者对转基因作物的普遍担忧以及转基因和基因工程的安全性问题，开发了新的技术。其中最实用的一种叫做“代谢组学”，不需要知道原始作物的整个基因组。这完全绕过了整个基因组测序之后才能进行比较。在代谢组学中，基因工程食品被分析在其细胞内的“代谢物”(即小分子)。这种类型的分析将给研究者提供在转基因作物中每一种化合物的具体数量，然后将其与“原始”作物的结果进行比较。
第一次大规模的研究(由Catchpole等人完成)使用代谢组学在转基因马铃薯上进行，并发表在美国国家学术科学学报(第102卷)。
这些技术可以应用于所有基因工程和转基因食品。像这样的安全控制可以让批评者们沉默下来，批评者认为转基因生物可以产生非计划和不安全的化合物，当基因被破坏或其他基因被无意地引入。
