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中国沙门菌检测能力崛起篇

放大字体  缩小字体 发布日期:2018-04-16  来源:菌学联盟
核心提示:1884年,德意志帝国卫生局细菌学家格奥尔·加夫基首次从人类样本中分离到伤寒沙门菌。次年,美国兽医丹尼尔·埃尔默萨蒙(之后以其名作为沙门菌属的属名)和微生物学家西奥博尔德·史密斯(主要贡献者)报告猪样本分离出猪霍乱沙门菌,确认猪霍乱的传播媒介并研发出疫苗。
   沙门菌之物种起源
 
  1884年,德意志帝国卫生局细菌学家格奥尔·加夫基首次从人类样本中分离到伤寒沙门菌。次年,美国兽医丹尼尔·埃尔默萨蒙(之后以其名作为沙门菌属的属名)和微生物学家西奥博尔德·史密斯(主要贡献者)报告猪样本分离出猪霍乱沙门菌,确认猪霍乱的传播媒介并研发出疫苗。此后,越来越多沙门菌血清型被发现并拥有新菌型身份,命名法则依靠沙门菌表达菌体脂多糖抗原和表达鞭毛的侧链多糖抗原的搭配组合(O:H1:H2)。1934年首版的第1批沙门菌44种经验证血清型,被称为考夫曼-怀特(Kauffmann-White)抗原表;截止2018年,全球有超过2600种血清型被国际权威机构认定和记录于沙门菌血清型的“圣经”:怀特-考夫曼-勒密诺抗原表(the White-Kauffmann-Le Minor scheme)(WKLM),供全球从事沙门菌检测和鉴定的各类机构参照使用。
 
  中国沙门菌融入世界版图
 
  菌学联盟之前推文:探索中国沙门菌分型传承之路中曾经介绍过,生于1917年、祖籍江苏盐城、1943年毕业于国立医学院(上海医学院)的陈廷祚于1946年考取公费留学于丹麦的Kauffmann国际沙门菌中心,1949年底回国先后在大连生物所、成都生物所任职总技师和副所长,是新中国赴西方求取沙门菌抗原研究与血清分型真经的第一人。
 
  照片来自《陈情表》一书,陈廷祚教授1978年参观日本大阪微生物病研究所拍摄,陈廷祚教授(左二),倪语星教授(右一)。
 
  中国沙门菌融入世界版图之路始于改革开放之后组建的全国沙门菌协作组,纲举目张,迟来的中文版考夫曼-怀特抗原表终于能替换实验室前辈们工整手抄、牛皮纸封面的抗原表:1979年,成都生物所的朱超教授翻译《沙门氏菌属诊断抗原表》首次成为中国学者从事沙门菌分型的“奢侈品”。
 
  1989年,江西省卫生防疫站的何晓青主任首次将沙门菌抗原表作为肠道病原菌的重要理论和实践依据,首次以附录形式出版在《卫生防疫细菌检验》。该书因整体提升了全国各级防疫实验室技术人员对沙门菌的分离、鉴定与分型能力而影响深远。
 
  1999年,国际沙门菌权威机构对沙门菌的种、亚种等分类命名、基于进化关系进行调整。2003年,中国国家标准化管理委员会发布的《食品卫生微生物学检验 沙门氏菌检验》GB/T 4789.4-2003 收录了部分沙门菌血清型,首次在食品微生物标准中提出对于沙门菌血清型的报告要求或建议。
 
  2009年,朱超教授又重新校对、翻译出版截止2003年的全球沙门菌抗原表的《沙门菌属血清型诊断》以满足国内不断增多的机构学者的实践需要。
 
  2014年,长期从事临床微生物苛氧与疑难菌形态学鉴定的周庭银教授将沙门菌抗原表作为附录收入《胃肠炎实验室诊断》意味着临床实验室对肠道病原菌精准诊断和报告的需求增加。
 
  中国沙门菌应用与研究能力崛起
 
  中国政府的改革开放加速了城市化进程,改善城市的环境卫生,提高人民群众的生活质量。曾在旧中国肆孽的伤寒、副伤寒沙门菌,作为贫穷落后的象征,在过去10年间,不断伴随全球动物类食品贸易和人口流动而快速扩张的众多非伤寒、副伤寒沙门菌(血清型)引发的新型生态行为传染病、养殖耐药传播扩散和食源性感染性疾病所替代。流行病学家为满足公共卫生事件的病原学溯源研究目的对沙门菌精准分型的好奇心在不断增高,其次,试图取代传统人工沙门菌分型鉴定的新技术、新材料和新方法也不断引进和研发。这些跨界需求和进步使中国的沙门菌终于获得聚沙成塔的历史机遇:国内众多科研院所-农产品养殖-兽医临床-出入境检验-食品安全-临床感染-公共卫生等相关机构在制定对接国际的沙门菌定性、定量检测标准和开展应用、基础性研究课题的兴趣与数量和近5年大量国内外专业期刊刊发的文章呈正相关。2017年菌学联盟陆续推出了首个基于手机终端的沙门菌血清型检索版和软件操作血清分型的导航版(详见菌学联盟之前相关推文),岁末又重磅公开中国首个沙门菌血清型数据库,开放国内经验证的133个血清型的最早发现时间和来源,为提升国内外学者高端科研需求和接轨沙门菌国际规则走出很小但关键一步。
 
  全球沙门菌新菌型的发现和命名
 
  沙门菌血清型和变种之间是独立存在和命名的关系。举例:乙型副伤寒和乙型副伤寒爪哇变种;猪霍乱和猪霍乱得忒勒变种,属于生化差异型。鼠伤寒和鼠伤寒哥本哈根变种(O:5缺失)属于抗原差异型,因两者之间的遗传差异(ST序列型)不足以支持成为独立的型而在抗原表中无法独立列出。同理,2000~2010年间曾在国内外文献以独立抗原式标出的试图判断为新出现的沙门菌亚种Ⅰ血清型:Ⅰ 1,4,[5],12:i:-,经多年、多个专业机构研究发现,其作为鼠伤寒(H2天然缺失株)遗传进化的独立变种证据不足而最终共识将其归属为鼠伤寒。最新增补的血清型恰恰提供了1个相反的案例:蒙得维的亚是美洲地区长期流行的优势沙门菌之一,最近在环境菌株中发现该血清型存在O54抗原,一种过去没有的抗原,在经过参比实验室比对和研究后,命名该菌为:蒙得维的亚:{6,7,14},{54}:g,m,[p],s:-,归属于O:54群,即一个血清型新的变种,是首次出现共享菌名的情况。
 
  林奈(生物分类法则)在1900年将沙门菌作为独立的菌属名命名至今,随着全球沙门菌的参比体系建立和多组学的发展、技术升级,不断为沙门菌新菌型的发现提供实物证据的全球比对、验证和命名法则。截止2010年最新的统计,沙门菌血清型共计2659,在已命名的亚种Ⅰ的1475个血清型多数有使用地名作为血清型名的约定成俗的规则,德、英、美3国地名占据优势的局面似乎暗喻其背后深厚的研究积淀。相信随着中国在沙门菌应用和研究领域的能力提升与崛起,不久将出现中国命名的沙门菌新血清型。
 
  此次菌学联盟发布整理的《沙门菌血清型抗原表》菌学联盟译编(第二版),包括了WHO发布的2007年第九版White-Kauffmann-Le Minor scheme(WKLM表),以及之后WHO发布的第47号、第48号增补表的翻译本。此表中包括2个种和 6个亚种,共有46个O群,2659个血清型。在血清型名称后加*的为截止2017年菌学联盟已收录菌株。此版全部免费提供给业界沙门菌检测技术人员使用,希望它能成为大家工作学习的得力工具!
 
 
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