首先，药品生产中微生物的生态学分布了解：
在药品生产中，由于受到各种要素（制药厂房环境的空气、制药用水、操作人员、物料、设备等）的影响，都可能导致药品的微生物污染。因此，GMP对各种要素都提出了防止污染的基本要求。中国药典微生物限度检查法规定的检查项目包括细菌数、霉菌数、酵母菌数和控制菌检查。
（一）、空气中的微生物
空气本身并不产生污染，因为空气不含必要的水分和营养，不是适合微生物生长繁殖的天然环境，但是一般的大气环境仍含有不少的细菌、霉菌和酵母菌。
空气中的微生物来自灰尘微粒（自然因素如风，人为因素如车），来自人的皮肤与衣服，以及谈话、咳嗽、打喷嚏等造成的飞沫。空气中微生物数量取决于灰尘量和活动状况，例如，有活跃人群的地方微生物多，不清洁的房间比清洁的房间多，潮湿的地方比干燥的地方多。因此，空气是侵袭我们产品的污染物的主要媒介。因此保持空气洁净是极为重要的。
在药品生产中，减少空气中微生物数量的方法有多种，常用的有以下3种方法：
1、空气洁净技术采用的过滤方法 ： 过滤是最常用的方法。过滤介质种类很多，例如：纤维素、玻璃棉或人造纤维等。空气净化装置可用于整个房间如无菌操作室，也可只限于操作区域局部如超净工作台。
2、化学消毒方法：采用消毒剂作用于室内空气和物体表面。
3、紫外线照射方法：采用紫外线对室内空气进行照射。
（二）、制药用水中的微生物
在生产过程中，水是应用最广泛的原料之一。从理论上讲，微生物在纯水中是不能生长的。但是，所有的各类水不管怎样仔细蒸溜或过滤，总会含有一定量的可溶性有机物和盐类。正是这些可溶性的物质提供了微生物生长的环境。
工艺用水在制药企业防止污染及作为制药用水方面至关重要。因为它不仅直接用于产品的生产，而且也用于清洗设备和用于冷却。药品微生物污染的关键环节在于工艺用水，因为水是微生物生长代谢的一个必要成分。中国药典收载了纯化水和注射用水的质量标准。
常用的对水消毒的方法，与空气消毒的方法一样，也是化学消毒剂、过滤与紫外线照射3种。
1、化学消毒剂方法：对水的消毒以化学消毒剂方法较常用，效果也最好。常使用次氯酸钠或通氯气。在使用中，应注意到水系统中不能留有消毒不到的“死角”。
2、膜过滤法：适用于水系统的连续循环处理。
3、紫外线照射法：在水系统中应用紫外线照射消毒，适用于需要特殊处理的水（如光学透明度要求高），一般在末端之前。这种方法因处理过的水无臭无味，而优于化学消毒剂方法；因不产生微生物移居滤器的现象，而优于膜滤器。
在水系统中，这3种方法综合应用，设计安装在适当的位置。
（三）、厂房建筑与设备表面的微生物
厂房建筑物的内表面，以及设备表面、容器内外表面等，都可以是微生物寄生存的地方。由于空气中的湿度，所有表面都包上一层含水的薄膜。这层薄膜由于静电吸引而饱含尘埃微粒，有很多时候，表面还覆盖一层油状物质，此层油膜易受到尘粒污染。表面因尘埃微粒和微生物由空气传播的回降而受到污染。
请记住：一个表面看起来很干净，而实际上已经被千百万个微生物所污染，除非已经做了正确的消毒灭菌。
制药企业生产车间的厂房，库房及实验室都必须清洁整齐。建筑物表面不透水，光滑平整、无裂缝、接口严密、无颗粒物脱落，并能耐受清洗和消毒。设备、管道应易于拆卸、结构简单，便于清洁消毒。特别是药品生产过程中使用的容器，包括内包装容器，都应进行清洗和消毒。为了维持洁净室的洁净度免受邻室的污染或者污染邻室，在洁净室内应维持一个高于邻室或低于邻室的空气压力差。不同等级洁净室之间的静压差应大于5pa，洁净区与室外的静压差应大于10pa ,严防倒流。
（四）、人体的微生物
微生物广泛分布于自然界，人体与自然环境接触，当然也不能例外。凡是人体体表皮肤与外界相通的腔道如口腔、鼻腔、肠道、眼结膜、泌尿生殖道等均存在不同种类的微生物，其中有些微生物可以长期寄居在人的体表、皮肤和黏膜上。
以下举出一些人员污染的途径和方式：
1、人的头发和皮肤
每分钟从人类皮肤中要散发出约10,000个微生物。人体的皮肤、手、脸、毛孔、皱纹处及潮湿部位等常有金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、类白喉杆菌等；偶有革兰阴性菌；在皮肤上还有各种皮肤真菌。 我们的手上，也拥有大量的微生物。此外，在人们正常的日常活动中都接触大量微生物。
2、水滴
呼吸和咳嗽将产生出大量水滴，这种水滴既含有尘粒污染也含有微生物污染。
口腔是对污染最为敏感的地区，常见的微生物有白色葡萄球菌、类白喉杆菌、乳酸杆菌、放线菌、真菌、螺旋体等。呼吸道常存在空气中的细菌，如葡萄球菌、类白喉杆菌；在鼻咽部还有链球菌、奈氏菌属。一次咳嗽或喷嚏将把千百万个微生物引入工作环境内。
3、衣着
从可洗涤的纺织物中，可能散发出棉绒和淀粉粒。而从羊毛、开士米和其它松软的针纺织物中也可能散落出纤维和磨损下的微粒。污染也可能通过我们的鞋子进入工作场所。
4、化妆品和珠宝手饰
发胶、香水、睫毛膏、香粉等，为微生物污染提供了极好的源泉。耳环、戒指、项链、手链能传播微生物污染。如果，一小片珠宝碎片落入一批产品中，则可能引起严重的尘粒污染。
5、生产过程中人们所引起的混杂和误差
由人引起的污染也可能来自于生产过程中出现的混杂和误差。例如，当员工没有按照SOP进行工作时，车间的污染程度增加。让装产品的容器不加盖存放，将导致产品污染。
由于人体携带有不同种类的微生物，因此在药品生产的全过程中，每个工序都有可能发生由人体携带的微生物导致药品污染的危险。
例如，用未经清洁消毒的手直接接触药品使其污染，通过谈话、咳嗽等方式引起药品的污染。人是洁净室最大的污染源，占90%左右。咳嗽一次发菌量约为70~700个，喷嚏一次约为4000~60000个。所以在洁净室中，人的数量和活动应有特别严格的限制。
人体不同部位所带细菌数量：
（五）、物料的微生物
物料系指原料、辅料和包装材料等。
原辅料可能将大量的微生物带入到药物制剂中。因此，选用符合标准的原辅料，将有利于控制药品和环境的污染水平。
来源于动物的原料药或辅料（如明胶），有可能被动物病原体所污染；来源于植物的原料药或辅料（如淀粉）则可能被多种细菌、霉菌、酵母菌所污染。
原辅料的处理方法因药物类型而异，许多原辅料需进行消毒或灭菌处理。植物药材可用晾晒、烘烤方法使之充分干燥，以减少微生物繁殖。
原辅料在储藏过程中必须注意环境条件。
包装材料，特别是内包装材料，一方面包装药品，另一方面防止外界微生物进入药中。若处理不当，在药品储藏和运输过程中，极易引起污染，造成严重后果。总之，包装材料应考虑不同需要加以清洁或消毒处理进行合理封装。原则是尽量减少微生物数量，预防发生污染。
