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鳗鱼:多基因DNA条形码物种鉴定方法的分析

放大字体  缩小字体 发布日期:2018-07-12
核心提示:DNA条形码标准序列的筛选与在GenBank数据库中比对(BLAST)分析
   DNA条形码标准序列的筛选与在GenBank数据库中比对(BLAST)分析:应用自主设计的3 对引物16S rDNA 504、Cyt b 400、COⅠ609对6 种鳗鱼进行PCR扩增与测序,从各序列中筛选、截取6 种鳗鱼间碱基序列同源性低、物种特异性强、不存在碱基缺失或插入的片段,作为6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b 、COⅠ3 个基因标准DNA条形码,片段长度分别为262、280、300 bp,各物种序列相同的首尾下划线部分8 个碱基为截取目的片段的引子。
 
  除太平洋双色鳗外,日本鳗、美洲鳗、欧洲鳗、莫桑比克鳗、花鳗的DNA序列匹配(同源)率除了个别情况,均为99%——100%。在16S rDNA条形码碱基序列比对中,欧洲鳗样品的DNA条形码在GenBank数据库中比对与一个A. rostrata片段同源率为100%,可能是序列提供者提交时弄错种名。
 
  样品莫桑比克鳗的Cyt b(280 bp)DNA条形码比对中,出现与一个印度洋双色鳗片段同源率是100%,也可能是序列提供者提交了错误的种名。另外,在供试样品太平洋双色鳗的3 个基因DNA条形码与GenBank数据库比对中发现,供试样品与印度洋双色鳗物种亲缘关系非常接近,16S rDNA条形码碱基序列比对中,同源率为100%的,排序前面100 条片段中,前6 个片段是太平洋双色鳗,接在后面的是82 条印度洋双色鳗,同源率为99%的12 条也都是印度洋双色鳗。
 
  在Cyt b(280 bp)DNA条形码比对中,同源率为100%的16 个片段都是太平洋双色鳗,同源率99%的57 条中,太平洋双色鳗占23 条,印度洋双色鳗占34 条,余下同源率98%的27 条也均为印度洋双色鳗;在样品太平洋双色鳗的COⅠ(300 bp)DNA条形码序列与GenBank数据库比对中发现,同源率为100%的只有1 条片段(A. bicolorpacifica,AP007237.3),其他99 条均是同源率为98%的印度洋双色鳗。
 
  DNA条形码鉴定方法的建立与应用:各样品3 个基因的DNA序列与相应DNA标准条形码的同源率均为100%。其中,8 个样品判定为美洲鳗、5 个样品为欧洲鳗,3 个样品为日本鳗,4 个样品为莫桑比克鳗,5 个样品为花鳗,5 个样品为太平洋双色鳗。各样品基于3 个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6 种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。
 
 
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