大肠菌群
大肠菌群是用来反映食品是否受到粪便污染的指标。人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因。大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也间接反映了对人体健康危害性的大小。
霉菌、酵母
霉菌和酵母是真菌中的一大类，广泛分布于自然界。有些霉菌和酵母对人类是有益的，如酿酒、制酱、生产豆豉、腐乳等。但在某些情况下，霉菌和酵母也可造成食品腐败变质，有的还能产生真菌毒素。因此，霉菌和酵母也作为评价食品卫生质量的指示菌。
沙门氏菌
是我国食物中毒的主要病原菌之一。广泛分布于自然界，通常寄居在人或动物肠道内。沙门氏菌种类很多，有的能让动物得病，有的可以让人得病，还有些能让人和动物都得病。它主要污染动物性食品，包括禽畜类、蛋类、奶类及其制品。
金黄色葡萄球菌
它在自然界中无处不在，食品受其污染的机会很多。它能产生一种肠毒素，毒素越多致病力越强。只有30%至50%的金黄色葡萄球菌可产生肠毒素，而且肠毒素的产生与温度、水活性、菌含量密切相关，因此不是含有金黄色葡萄球菌就一定会引起食物中毒。但肠毒素加热不易破坏，煮沸30分钟仍保存部分活性，如果食物中已经存在大量金黄色葡萄球菌并产生大量肠毒素，即使充分蒸煮依然可能造成食物中毒。
副溶血性弧菌
副溶血性弧菌是一种海洋细菌，主要来自海产品，存活能力强，在抹布和砧板上能生存1个月以上，海水中可存活47天。随着经济的高速发展，海产品已进入寻常百姓家，由副溶血性弧菌引起食物中毒在沿海地区已超过沙门菌占到第一位。中毒食品主要是海产品，中毒原因主要是烹调时未烧熟煮透或熟制品被交叉污染。
