(一)菌落计数器
平板上的菌落个数可用肉眼直接观察进行计数，也可以借助仪器进行。菌落计数器是一种数字显示式自动细菌检验仪器。由计数器、探笔、计数池等部分组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计， LED数码管显示，字高13mm,清晰明亮，配合专用探笔，计数灵敏准确。黑色背景式计数池内，荧光灯照明，菌落对比清楚，便于观察。菌落计数器分手动、半自动和全自动三种类型，可根据对精确度的要求，选择不同的计数器。
使用方法： (1)接通电源，平板去盖，皿底朝下放入计数器后开始计数，从平板的顶部开始计数，用方格线标记防止重复计数，利用这种机械式手动计数器，计数每一个菌落，无论多小或不典型。
(2)将探笔插入仪器上的探笔插孔内。打开计数器，接通电源，计数池也内灯亮，并且显示窗内显示明亮，可以进行计数。把待检的培养皿皿底朝上放入计数池内，并用探笔在培养皿底面对菌落进行计数，点到的菌落处被标上颜色，显示窗内数字会自动累加。用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏后，显示窗内的数字即为该培养皿内的菌落数。
使用注意事项：仪器要放在平整牢固的试验台上，点数时，探笔不要过于倾斜，轻点至有弹跳感，数字即可显示。仪器应防尘，放大镜表面的灰尘，要用纯化水清洗后，再用镜头纸擦拭干净即可，另外还应防潮、防剧烈震动、防日光曝晒、防酸碱等，使用完后加防护罩。仪器及探笔非专业人员不能拆卸，有故障，请专业技术人员检修。
(二)菌落计数计算
1. ISO方法
根据ISO 7218: 2007 (E)菌落计数的原则，按如下方法进行计数：
(1)若有两个连续稀释度的平板菌落数(N)在100~300范围时，按式(4-1)计算。
N=ΣC/Vx1.1 xd
式中：
N一平板菌落数；
ΣC-平板(含适宜范围菌落数的平板)菌落数之和；
V-接种菌液的体积；
d-稀释因子（第一稀释度）。
结果保留两位有效数字，按“四舍五入”原则修约，以整数报告。
也可以用10的指数形式(科学计数法)来表示，按“四舍五入”的原则修约后，采用
两位有效数字。
(2)平板上的数小于10时，分四种情况计数：
①平板上的菌落数小于10大于4时，结果的计算用第一部分的方法，报告时以估计数报告。平板上的菌落数小于3大于1时，精确度太低，结果的报告是微生物检出并且小于4/d CFU/g(mL).
②平板上没有菌落数时，结果小于1/d CFU/g (或CFU/mL), d为稀释因子，样品没有稀释时d=100=1。
③如果第一个稀释度d1的菌落数大于300个并且都是典型的或确认的菌落，连续的稀释度d2平板菌落数小于300并且没有可见的典型菌落或确认的菌落，计数方法如下：结果记作小于1/d1CFU/g (或CFU/mL)大于1/d2CFU/g (或CFU/mlL) 。
④如果第一个稀释度d1的平板菌落数大于300并且没有典型的或确认的菌落，计数方法如下：结果记作小于1/d2 CFU/g (或CFU/mL)。
(3) 当第一个稀释度d1平板菌落数大于300,第二个连续的稀释度d2平板菌落数小
于10。
①如果第一个稀释度d1的平板菌落数在300-334之间，计数方法同前。
②如果第一个稀释度d1的平板菌落数大于334,第二个稀释度d2的平板菌落数大于8小于10,计数以估计数报告，小于1/d2 CFU/g (或CFU/mL)。
③如果第一个稀释度d1的平板菌落数大于334,第二个稀释度d2的平板菌落数小于8 则结果是无效的。
④两个连续的稀释度d1和d2上的平板菌落数都大于300,结果报告如下：大于300/d2，或大于300 x b/A x 1/d2。 b是可疑菌落A中证实的阳性菌落数。
⑤当最高稀释度的平板菌落数(N‘)在10-300之间，按式(4-2)计算：
N‘=c/V×d
式中：
c一平板上的菌落数；
V一接种菌的体积数；
d---稀释因子。
当有蔓延菌落时，若蔓延菌落小于平板面积的四分之一，可计算剩余部分的菌落数，然后推算出整个平板的菌落数；如果大于四分之一，不能计数；一个链状菌落，只作为一个菌落计数。
2.国标方法
我国的国标中菌落计数原则如下：
选取菌落数在30 CFU ~300 CFU之间、无蔓延菌落生长的平板计数菌落总数。低于30CFU的平板记录具体菌落数，大于300 CFU的可记录为多不可计。每个稀释度的菌落数应采用两个平板的平均数。其中一个平板有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无片状菌落生长的平板作为该稀释度的菌落数；若片状菌落不到平板的一半，而其余菌落分布又很均匀，可计算半个平板后乘以2,代表一个平板菌落数。当平板上出现菌落间无明显界限的链状生长时，则将每条单链作为一个菌落计数。
(1)若只有个稀释度平板上的菌落数在适宜的计数范围内，计算两个平板菌落的平均值，再将平均值乘以相应稀释倍数，作为每克或每毫升样品中菌落总数结果。
(2)若有两个连续的稀释度的平板菌落数在适宜的范围按式(4-3)计算：
N=ΣC/(n1 + 0. 1n2)/d
式中：
N一样品中菌落数：
ΣC-平板(含适宜范围菌落数的平板)菌落数之和；
n1一第一稀释度(低稀释倍数)平板个数(含适宜范围菌落数);
n2一第二稀释度(高稀释倍数)平板个数(含适宜范围菌落数);
d----稀释因子(第一稀释度)。
(3)所有稀释度的平板上菌落数均大于300 CFU,则对稀释度最高的平板进行计数，其他平板可记录为多不可计，结果按平均菌落数乘以最高稀释倍数计算。
(4)若所有稀释度的平板菌落数均小于30 CFU,则应按稀释度最低的平均菌落数乘以稀释倍数计算。
(5)若所有稀释度(包括液体样品原液)平板均无菌落生长，则以小于1乘以最低稀 释倍数计算。
(6)若所有稀释度的平板菌落数均不在30 CFU~300 CFU之间，其中一小部分小于30 CFU或大于300 CFU时，则以最接近30 CFU或300 CFU的平均菌落数乘以稀释倍数计算。
菌落数结果按以下原则报告结果：菌落数小于100 CFU时，按“四舍五入”原则修约，以整数报告。菌落数大于或等于100 CFU时，第3位数字采用“四舍五入”原则修约后，取前2位数字，后面用0代替位数；也可用10的指数的形式来表示，按“四舍五入”原则修约后，采用两位有效数字。若所有平板上为蔓延菌落而无法计数，则报告菌落蔓延。若空白对照上有菌落生长，则此次检测结果无效。称重取样以CFU/g为单位报告，体积取样以CFU/mL为单位报告。
