生鲜肉类中腐败微生物的来源途径多种多样。 健康动物的肌肉本身是无菌的，但有调查显示从屠宰厂出来的生鲜肉类胴体表面微生物初始污染量达102?104cfu/cm2, 这说明屠宰加工环节是生鲜肉腐败微生物滋生的主要环节。动物产地、运输环 境、屠宰加工环境、消毒保鲜方式、冷却方式、包装方式及储藏温度等，都是影响生鲜肉中微生物种类的关键因素。不同种类生鲜肉产品中腐败微生物的组成各不相同，即所谓的特定腐败微生物（SSO)。 研究者通过各种各样的手段对腐败菌进行了研究。在早期，大多基于传统平板培养法和生化法对 腐败菌进行分离和研究。随着现代分子生物学技术的不断发展，更多的分子学方法被应用于腐败菌的研究，通过提取细菌总DNA, 采用变性凝胶电泳（DGGE)和时间温度梯度凝胶 电泳（TTGE)等技术对16SrRNA产物进行分析，再对特征条带进行回收测序，研究肉类腐败过程中的微生物菌群结构变化，进而对特定腐败菌进行识别与分离气。近年来，高通量测序技术的快速发展也为腐败菌的深入研究提供了新的技术手段。
生鲜肉类中常见的腐败菌种类
现有报道的肉类中的腐败微生物种类多为细菌 ，主要包括假单胞菌属（Pseudomonas ssp.)、希瓦氏菌属（Shewanella ssp.)、不动杆菌属(Acinetobacter ssp.)、莫拉克斯氏菌属(Moraxella ssp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter ssp.)、产碱杆菌属（Alcaligenes ssp.)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae ssp.)、弧菌科（Vibrioflaceae)中的气单胞菌属(Aeromonas spp.)和弧菌属（Vibrio spp.)、黄杆菌属(Flavobacterium ssp.)、葡萄球 菌 （Staphylococcus ssp.)、微球菌属（Micrococcus ssp.)、梭菌属（ Clostridium ssp.)、乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)、明串珠菌属(Leuconostoc spp.)、环丝菌属（Brochothrix ssp.)、棒状杆菌属（Corynebacterium ssp.)等。也有报道发现真空包装牛肉中的绝对优势腐败菌为嗜冷酵母(Kazachstania psycirophula)。
肉类中腐败菌的来源
畜禽肉类中的微生物状况由动物饲养、屠宰以 及包装加工和储存条件决定。屠宰是污染的关键环节，肉类在该环节受到的微生物污染会持续到接下来的各个环节中。
1.养殖及屠宰场
在牛羊肉中，嗜冷腐败微生物更多来自皮毛，而土壤和水源成为皮毛中微 生物的主要来源。在禽肉中，嗜冷细菌也是主要来自于皮毛。这些细菌在通过烫毛程序后会减少许多。嗜冷菌和肠杆菌污染在拔毛程序后又会增大。另外，用于冲洗和冷却的水 源也有可能带入嗜冷细菌污染禽胴体。在生猪屠宰过程中，烫毛程序能从很大程度上消除生猪皮毛上所携带的革兰氏阴性菌，但是在之后的程序操作过程中，各种环境因子、机械设备、操作人员等又会对猪肉胴体造成二次污染。许多腐败菌在屠宰厂中的绝大多数器具上都能轻松地分离得到。
2.加工过程
Vihavainen等将1997-2007年分离出的与食品腐败相关的384株明串珠菌进行分型研究发现，加工环境而非产品种类对腐败菌的种类有明显影响。Liang等从3个不同的 生产工厂获取骨肉相连鸡肉产品，通过PCR技术和DGGE技术对鸡肉产品中的细菌多样性进行了分析，结果发现，不同来源的鸡肉产品中的优势菌各不相同。
3. 包装与储运环节
生鲜肉的贮藏温度和包装方式对腐败菌的生长和生鲜肉产品的货架期起着至关重要的作用。Kiermeier等对不同包装方式的生鲜羊肉中的微生物种类进行了分析，可以看出真空包装和气调包装生鲜羊肉在整个冷藏过程中的微生物种类和变化规律都是不同的。Patsias等通过对有氧冷鲜保藏和气调冷鲜保藏条件下初加工 鸡肉产品中微生物群落结构的研究，证实了不同的包装条件下会产生不同的特征腐败菌。另外加工环境也是影响肉类腐败菌种类构成的重要因素。
