不仅地球拥有磁场，人体也可以产生微弱的磁场，磁场的变化与人体的健康情况息息相关。随着弱磁检测技术的发展，利用高灵敏度磁力仪检测人体的磁场变化也成为临床诊断的重要辅助方式。在医疗领域较为常见的是脑磁和心磁。
脑磁
人体神经信号的传递主要依靠电压改变产生的电脉冲，根据电磁效应，当电脉冲沿着神经元的轴突传播时会产生非常微弱的磁场。人体颅内脑神经组织带电粒子的迁移会在局部产生电流。造成局部磁场变化。还可通过刺激脑部神经组织引起磁场的变化，例如采用声信号(听觉诱发脑磁反应)，光信号(视觉诱发脑磁反应)或电信号(体表感觉诱发脑磁反应)进行刺激。用超导磁力仪记录这种随时间变化的磁场变化，可以用于癫痫病灶的定位诊断，以及脑梗塞、脑溢血、精神病和心理障碍等疾病的诊断。
心磁
心脏的跳动伴随着激活电流的产生，激活电流在周围产生磁场，磁场的变化可以反应心脏的健康状况。由于传统的心电图只能测量体表不等势两点的电位差，而体表的电势差往往不能推算出体内心电电流的准确分布，因此需要接触式测量。而采用高温超导磁力仪进行心磁测量则可以实现非接触测量，并且测量准确，可以对心脏损伤部位进行定位。目前，已经用于心脏疾病的诊断，如心肌缺血、冠心病、心律失常和胎儿心脏疾病检测等。
