有的学者把转基因产品划分在过敏原范畴，这是因为食品中引起过敏的主要成分是某种蛋白质。转基因大豆被人类为了达到某种目的，硬生生的转进去了外源基因，在这种外源基因编码的影响下，植物可能产生令一些少数特定的人群过敏的蛋白质。
正规的豆制品厂，都选用国产非转基因大豆作为原料，一方面是因为出品率高、口感好。另一方面是因为消费者抵触转基因产品，据国外资料介绍有极少数人对转基因的大豆蛋白过敏，存在食品安全问题。
为了维护产品的品牌和生产企业的声誉，豆制品厂在大豆原料验收方面是十分严格的。豆制品厂的品控人员，除了根据《食品安全法》的有关规定，查验供应商的资质、出厂检验报告、第三方检验报告以外。还要根据企业内部控制标准，自行检测相关项目，比如感官、水分、蛋白质含量、脂肪含量、转基因等等。
企业实验室一般条件有限，考虑到检测成本问题，公司一般不肯投入较大资金到实验室设备上。对于转基因的内部控制手段多数采用转基因测试纸。转基因测试纸也有好几种，检测转基因大豆首选cp4-epsps测试纸。cp4-epsps基因是针对抗除一种叫草甘膦的除草剂转入到大豆的基因。国外大豆种植集约化程度很高，在大豆生长田间管理过程中离不开除草剂，而除草剂草甘膦是首选，为了杀死杂草而不伤害大豆，就把抗草苷膦的基因转入大豆，这样即使加大除草剂的使用浓度把杂草杀死了也不会把大豆杀死。大豆被转进去cp4-epsps基因后，会产生一种独特的蛋白，权且我们把这种蛋白叫做cp4-epsps蛋白。因此我们通过用cp4-epsps测试纸检测一下大豆中是否含有cp4-epsps蛋白，就可以推导出该批大豆是否为转基因大豆。据资料介绍，这种转基因测试纸的检测灵敏度可达万分之一。
为了培养化验员对转基因大豆知识有个初步的认识，我们搞来了美国、巴西产纯转基因大豆样品各一份，教他们如何从感官、理化指标、转基因测试结果的表现来识别。
总之转基因大豆和非转基因大豆的主要区别在于 ：从外观上转基因大豆脐部明显、突出于表皮、颜色发深、黑色或暗褐色。国产非转基因大豆，脐部与大豆表皮颜色差别不大，与表皮平齐。从理化指标来看，转基因大豆脂肪含量明显高于国产非转基因大豆，而蛋白质含量相对较低。
