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多基因DNA条形码鉴定6 个鳗鱼物种

放大字体  缩小字体 发布日期:2018-03-28
核心提示:我国是鳗鱼养殖与加工出口大国。为了维护企业与消费者利益以及正常市场秩序,应企业与执法部门要求,建立鳗鱼种类的精准鉴定方法,对我国鳗鱼养殖业与加工出口外贸易具有重要的现实意义。
  我国是鳗鱼养殖与加工出口大国。为了维护企业与消费者利益以及正常市场秩序,应企业与执法部门要求,建立鳗鱼种类的精准鉴定方法,对我国鳗鱼养殖业与加工出口外贸易具有重要的现实意义。为了维护企业与消费者利益以及正常市场秩序,应企业与执法部门要求,建立鳗鱼种类的精准鉴定方法,对我国鳗鱼养殖业与加工出口外贸易具有重要的现实意义。聚合酶链式反应(PCR)扩增技术在食品中鱼类物种成分的鉴别已有较多研究与应用,在鳗鱼中的应用主要是基于PCR的随机扩增多态性DNA遗传多样性分析与物种鉴别探讨的研究,但在检验检疫中实践应用,缺乏稳定性与准确性。目前国内外鲜见利用多基因DNA条形码进行鳗鱼物种鉴定的研究报道。
 
  来自福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心的陈文炳、邵碧英和缪婷玉等人在基于16S rRNA基因部分DNA片段建立的DNA条形码(243 bp)鉴定美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗3 种鳗鱼的基础上,延长16S rRNA基因部分DNA片段为262 bp并筛选除了Cyt b基因与COⅠ基因等多基因的标准DNA条形码,建立了美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗、莫桑比克鳗、花鳗、太平洋双色鳗6 种鳗鱼的多基因DNA条形码物种精准鉴定方法。为维护企业与消费者利益以及正常市场秩序,避免贸易壁垒,提供技术保障,对我国鳗鱼养殖业与加工出口对外贸易具有重要的现实意义。
 
  16S rRNA、Cyt b、COⅠ 基因片段PCR引物筛选及其产物序列分析
 
  采用3 对通用引物对6 种鳗鱼的3 个基因(16S rRNA、Cyt b、COⅠ)部分DNA进行PCR扩增,PCR产物双向测序,6 种鳗鱼各获得3 条16S rDNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA序列,片段长度分别为638~643、464~466、705~707 bp,在GenBank数据库中BLAST比对,分别与数据库中的美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗、莫桑比克鳗、花鳗、太平洋双色鳗的相应基因序列的同源率均为99%。基于各基因的6 条序列的同源性比对,排除序列中存在碱基缺失部分与不具差异的区间,选取各物种序列同源的片段用于设计新引物。
 
  DNA条形码标准序列的筛选与在GenBank数据库中比对(BLAST)分析
 
  应用自主设计的3 对引物16S rDNA 504、Cyt b 400、COⅠ609对6 种鳗鱼进行PCR扩增与测序,从各序列中筛选、截取6 种鳗鱼间碱基序列同源性低、物种特异性强、不存在碱基缺失或插入的片段,作为6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b 、COⅠ3 个基因标准DNA条形码,片段长度分别为262、280、300 bp,各物种序列相同的首尾下划线部分8 个碱基为截取目的片段的引子。
 
  除太平洋双色鳗外,日本鳗、美洲鳗、欧洲鳗、莫桑比克鳗、花鳗的DNA序列匹配(同源)率除了个别情况,均为99%~100%。在16S rDNA条形码碱基序列比对中,欧洲鳗样品的DNA条形码在GenBank数据库中比对与一个A. rostrata(KJ564271.1)片段同源率为100%,可能是序列提供者提交时弄错种名。样品莫桑比克鳗的Cyt b(280 bp)DNA条形码比对中,出现与一个印度洋双色鳗(A. bicolor bicolor)(AB021780.1)片段同源率是100%,也可能是序列提供者提交了错误的种名。另外,在供试样品太平洋双色鳗的3 个基因DNA条形码与GenBank数据库比对中发现,供试样品与印度洋双色鳗物种亲缘关系非常接近,16S rDNA条形码碱基序列比对中,同源率为100%的,排序前面100 条片段中,前6 个片段是太平洋双色鳗,接在后面的是82 条印度洋双色鳗,同源率为99%的12 条也都是印度洋双色鳗;在Cyt b(280 bp)DNA条形码比对中,同源率为100%的16 个片段都是太平洋双色鳗,同源率99%的57 条中,太平洋双色鳗占23 条,印度洋双色鳗占34 条,余下同源率98%的27 条也均为印度洋双色鳗;在样品太平洋双色鳗的COⅠ(300 bp)DNA条形码序列与GenBank数据库比对中发现,同源率为100%的只有1 条片段(A. bicolorpacifica,AP007237.3),其他99 条均是同源率为98%的印度洋双色鳗。
 
  DNA条形码鉴定方法的建立与应用
 
  各样品3 个基因的DNA序列与相应DNA标准条形码的同源率均为100%。其中,8 个样品判定为美洲鳗、5 个样品为欧洲鳗,3 个样品为日本鳗,4 个样品为莫桑比克鳗,5 个样品为花鳗,5 个样品为太平洋双色鳗。
 
  结 论
 
  各样品基于3 个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6 种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。
 
 
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