通过使用TMT标记技术并结合基于IMAC的磷酸肽富集策略，本研究共鉴定到来自100个磷蛋白的215个磷酸化位点。通过motif分析发现这些磷蛋白的磷酸化基序为S-X-E (X表示任意氨基酸)。在孵化12天的蛋清蛋黄样本中，62个磷蛋白的123个磷酸化位点发生了显着变化（p<0.05）：其中，32个磷蛋白的55个磷酸化位点发生显着上调；30个磷蛋白的68个磷酸化位点发生显着下调。通过对这些差异变化的磷蛋白进行层次聚类分析，揭示了孵化过程中某些蛋白质同时发生磷酸化和去磷酸化过程，这说明在孵化过程中同一个蛋白质可能通过修饰水平的不同而展现不同的生物学功能。如vitellogeninII的磷酸化上调可促进其对金属离子以及脂质的结合能力进而为鸡胚提供所需的矿物质和脂质；而其去磷酸化过程则可以为鸡胚发育提供所需的磷元素。此外，通过GO分析结果发现，这些发生显着差异变化的磷蛋白主要与结合、分子功能调节、转运活性等功能相关。
该研究首次系统地阐明了鸡胚蛋孵化期间蛋清蛋黄蛋白质磷酸化状态的变化，并探讨了磷酸化水平改变对鸡胚发育的影响，这不但有助于重新认识鸡蛋中磷酸化蛋白的生物学功能，同时也为通过调节修饰水平来开发新的功能性蛋白奠定了理论基础。
