① 基因治疗中外源基因引入后，是否会影响其他重要调节基因，甚至激活原癌基因?
② 转基因技术的广泛应用，是否会发生载体介导的外源基因发生横向转移，重组出新的菌株，导致难以消灭的新病原微生物的出现?
③ 转基因作物的推广是否会造成生态灾难?转基因作物具有全新的性状，是否增强了其生存竞争力而成为入侵生物?抗除草剂基因是否会从转基因作物中通过近源种间杂交传到杂草中产生超级杂草?或者转基因作物自身转化为不可控制的杂草破坏生态平衡?
④ 具有抗病虫能力的转基因作物体内产生的抗病、虫蛋白是否会使病、虫产生抗性，使病虫害更加难以防治。
⑤ 转基因产品进入食物链，人类摄食大量转基因食品是否会对人类及其后代的健康产生影响?
也有不少学者认为转基因生物生命力并不像人们想像的那么强，许多农作物花粉传播距离有限，如玉米在种植区外50米就难见到花粉。另外花粉的存活时间有限，如禾本科植物花粉，在通常环境下仅能存活1―2h，保持受精能力的时间更短。何况许多植物是白花授粉植物，花粉不易传播。从目前在水稻、玉米、棉花、马铃薯、亚麻和芦笋等转基因植物的田间试验结果来看，转基因植物在生长势、越冬能力等方面并不比非转基因植株强。也就是说大多数转基因植物的生存竞争力并没有增加，故一般不会演变为农田杂草。
自然界中存在植物病毒异源重组产生新病毒的现象，会改变病毒的寄主范围。到目前为止，抗病毒的转基因植物在田间试验中尚未发现有病毒异源包装，但长期和大规模应用是否会发生尚需进一步试验证实。
利用基因工程技术使植物产生抗虫性，减少化学杀虫剂的使用，可避免环境污染和残留杀虫剂对人体产生危害。然而，转基因抗虫植物对环境仍可能有负面效应。
一是种植转基因抗虫植物有可能使害虫寄主转移；
二是害虫在整个生长周期中只受到少数几种抗虫基因表达产物的选择，容易使害虫产生相应的抗性；
三是转基因抗虫植物中的外源抗虫(杀虫)基因对非目标生物产生影响。在自然条件下有许多有益生物是以害虫为食的，转基因植物的种植将使害虫数量下降，这无疑将威胁到某些以害虫为食的有益生物生存。虽然到目前为止还没有直接证据能够证明转基因抗虫植物中的抗(杀)虫基因会对害虫的天敌产生毒杀作用，但这一问题仍应予以高度重视。
食品安全性是转基因植物安全性评价的一个重要方面。1993年，国际经济合作与发展组织提出了食品安全性评价的实质等同性原则。如果转基因植物生产的产品与传统产品具有实质等同性，则可以认为是安全的；若转基因植物生产的产品与传统产品不存在实质等同性，则应进行严格的安全性评价。在进行实质等同性评价时，一般需要考虑有毒物质和过敏源两方面，必须确保转入的外源基因或基因产物对人畜无毒。如评价转PTA杀虫基因玉米作为饲料或食品的安全性，则应研究PTA蛋白对人畜的安全性。目前已有大量的实验数据证明PTA蛋白只对少数目标昆虫有毒，对人畜安全。在自然条件下存在着许多过敏源，具有过敏源基因的植物不能被批准商品化生产，如美国有人将巴西坚果中的过敏源2S清蛋白基因转入大豆，虽然使大豆的含硫氨基酸增加，也未获准商品化生产。此外，可能转基因作物中的标记基因存在潜在的安全性问题，目前通过共转化可得到无标记基因的植株，也可通过基因删除技术除去标记基因。
