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多组学整合:如何找到更好的流感疫苗

放大字体  缩小字体 发布日期:2017-11-29
核心提示:美国疾病控制与预防中心(US Centers for Disease Control and Prevention)估计,每年的流感疫苗可以将某些类型的流感的发病风险降低40%至60%。但是目前的疫苗,不管科学家们认为在某一年里会有什么病毒,都不要授予免疫或保护流感病毒或H5N1禽流感等外来毒株。
   芝加哥(GenomeWeb)——由于流感季节已经在北半球全面展开,人类疫苗项目正在转向各种各样的经济学方法,以及人工智能驱动的计算机模拟,以创造更有效的流感疫苗。
 
  美国疾病控制与预防中心(US Centers for Disease Control and Prevention)估计,每年的流感疫苗可以将某些类型的流感的发病风险降低40%至60%。但是目前的疫苗,不管科学家们认为在某一年里会有什么病毒,都不要授予免疫或保护流感病毒或H5N1禽流感等外来毒株。
 
  “没有很好的疫苗,”人类疫苗项目的首席运营官Ted Schenkelberg说。“我们不了解免疫系统如何对抗流感。”
 
  一个月前,总部位于纽约的人类疫苗项目启动了由范德比尔特大学医学中心领导的“通用流感疫苗倡议”。来自加州大学圣地亚哥分校的研究人员,斯克里普斯研究所,La Jolla(加州)过敏和免疫学研究所,j . Craig Venter Institute,不列颠哥伦比亚大学和劳伦斯利弗莫尔国家实验室,将参加明年年初开始的临床试验。
 
  根据Schenkelberg的说法,研究人员将进行免疫组测试,并采集组织、血液、骨髓和淋巴结样本,以检查基因组和生物学因素。分析将包括转录学、代谢组学、基因组学、表观基因组学和蛋白质组学,并将使用细胞因子分析、流式细胞仪、免疫单胞菌和数据集成等手段。
 
  “他们将使用不同的技术来分析数据,”詹姆斯·克罗说,他是范德比尔特疫苗中心的负责人,也是人类疫苗项目人类免疫组项目的首席研究员。(人类免疫组计划旨在了解与人类免疫组相关的巨大数据集。)
 
  根据Crowe的说法,Vanderbilt将处理大部分的样本收集,然后在本地执行一些assays,并将其他样本发送给合作机构。他说:“我们想要使用每一种可用的经济学方法。”
 
  “在人类疫苗项目中,我们关注的是人类的免疫系统,以及我们如何对抗疾病,”Schenkelberg说。“我们现在有以前没有的工具。”研究人员将寻找他们可以在哪里应用这些工具来对流感疫苗产生最大的影响。
 
  “我们需要完全改变我们做这些事情的方式,”Schenkelberg说。“如果我们继续前进,我们将会得到渐进的改善。”“全球流感疫苗倡议的目标远大于此。”
 
  “每个世纪,我们都有4到5次流感大流行爆发,”Schenkelberg指出。“我们可能要参加一个1918个规模的活动。”一个世纪前的那次疫情造成了大约5000万人死亡,占世界人口的三分之一。
 
  这意味着研究人员必须积极主动。“我们不能迎头赶上,”Schenkelberg说。
 
  根据Crowe的说法,他们将从一项对先天免疫因素的住院研究开始。他说:“这些(因素)是非常有活力的,没有人知道什么时候会发生变化。”他说:“我们不知道血液吸收的最佳时间和体积”,因此在研究过程中,大约有10到20名患者会经常抽血。Crowe补充道:“然后我们将计划研究,这些研究几乎是第二阶段试验的规模。”
 
  Schenkelberg说,他希望在未来五年内在五大洲招收1500到1700人。一个目标是尽可能的种族和种族多样化。克罗说:“我们将研究孕妇、儿童以及不同种族和种族。”“研究的规模将允许我们这样做,”他补充道。
 
  然而,最初的两年将致力于收集太阳能板,并开发数据分析以支持这项研究。
 
  Venter Institute和Livermore,特别是,将把机器学习应用到数据。“他们将会用模拟和生物信息学来突破边界,”Schenkelberg说。

  根据Crowe的说法,范德比尔特疫苗中心将会利用Illumina公司的多种族基因分型阵列(MEGA)芯片,尽管如果资金可用的话,它对进行全基因组测序感兴趣。Crowe说:“我们将会有大量的来自外显体、免疫组和单细胞转录的数据。”
 
  在某些情况下,研究人员会在给他们注射疫苗后的一个月或两个月对他们进行挑战,以测试免疫接种的效果。
 
  克劳解释说:“我们知道,在接种疫苗后,很多免疫因素都在起作用。”“但在接种疫苗后,哪些免疫因素受到了影响,这并不为人所知。”
 
  克罗说,一些研究人员将会研究血液、细针吸气、甚至是细胞群。“你需要同时测量很多东西,而不仅仅是测量单个细胞。”
 
  对住院病人研究的初步工作已经开始,研究人员正在开发assays,并寻求范德比尔特的机构审查委员会的批准。Crowe说:“我们测量了一些人的时间点,他们得到了今年的流感疫苗。”
 
  inpatient的研究将使用正在开发的疫苗,用于2011 - 19流感季节。
 
 
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