小钱用菌群结构谱，大钱用宏基因组，烧钱用多组学（如宏基因组+宏转录组+宏代谢组）。还不爽的话用各种多组学+培养组。
菌群结构谱通过靶向扩增、测序和分析16S/18S/ITS基因序列而获得菌群的种类和丰度信息；宏基因组通过测序和分析样品中所有的基因序列而获得微生物组种类（包括细菌、真菌、病毒和原生虫等）和丰度信息，以及各种基因功能和丰度信息；宏转录组通过测序和分析样品中所有的转录本而获得种类（包括细菌、真菌、病毒和原生虫等）和丰度信息，以及各种基因的功能和丰度信息，更重要的是各种转录本的功能和丰度信息；宏蛋白质组通过质谱等而获得各种蛋白的种类和丰度信息；宏代谢组通过质谱或核磁等而获得各种代谢物的种类和丰度信息。
