然而，研究真菌的次生代谢物特别具有挑战性，因为它们往往是为了响应特定的环境线索(温度、可利用的营养物质、来自附近生物体发出的信号)而产生的，从而为真菌提供竞争优势。
与邻近生物体的相互作用，包括细菌和昆虫(所谓的多王国相互作用)，也会对真菌次生代谢产物产生显着影响。事实上，数百种真菌的基因组测序发现了在传统实验室生长条件下没有表达的无数的隐性次生代谢产物。然而，通过目前的真菌培养和代谢隔离工具，对这些簇的环境诱导物进行鉴定，不允许对自然界中发现的广泛的培养条件进行简单、有效的探索。
传统的真菌培养方法使用烧瓶或培养皿，需要大量的试剂、孵化器或震动空间和重要的处理时间。在代谢组学分析中，一个重要且耗时的步骤是样品准备，以消除来自培养基(如盐、蛋白质和细胞碎片)的基质效应，从而影响下游液相色谱-质谱(lc - ms)结果。
研究人员通过提出一个简化和加速二级代谢研究工作流程的微尺度平台来解决这些障碍，使探索更大范围的微环境线索，并带来微尺度平台的显着特征(表面/体积比、分离培养室、矩阵设计)，以支持微生物代谢组学研究。
他们利用微流体界面来建立一个开放的双相系统，在这种体系中，有机溶剂被引导到一个微生物培养环境中，允许对代谢产物进行整合和被动的提取。
微尺度开放文化和提取技术提出了本研究的目的是演示简单的微生物培养和提取的概念,可以与许多其他集成微流控方法,提供增强分泌因子的浓度,使用罕见的样品,和生理有关体外模型的创建。
作者利用这些装置进行多维度的排列实验、不同的培养条件和代谢物的分离条件，并证明了从微尺度提取的效率足以进行lc - ms分析。
以其丰富的次生代谢，黑曲霉和黑曲霉(a . fumigatus)作为模型系统，他们展示了一种组合方法，用于微生物代谢组的代谢提取和微生物培养。
最后，作者设计了一个集成的coculture和提取平台，能够执行真菌和细菌的文化，并进一步研究王国之间的化学相互作用。
