检疫所受到申报后，由食品卫生监视员审查食品是否合法、判断是否需要检验。对象食品有：食品、食品添加剂、器具、包装容器和婴幼儿用玩具。
检疫所的各窗口接受有关进口手续的咨询，初次进口食品时，如有不明之处，以及关于申报可以找附近的检疫所窗口商谈。(→接受食品进口申报的窗口一览)
从外国到达邮件的处理
根据进口量和运输形态，其处理方式也不同。从外国到达的邮件用于销售或经营时，有必要向厚生劳动省进行进口申报。
邮件到达日本后，由海关发送“从外国到达邮件的报关手续通知书（即到达通知书）”，收到通知书时请向检疫所询问。
→外邮出差所即担当检疫所
各种制度
检验制度：
进行申报审查，判断有必要检验时，确认按照法规实施下面的检验。
命令检验：
根据自主检验（指导检验）及监控检验、国内抽样检验过程中确认的违法示例，对于推断违法可能性高的食品，要求进口商每次进口时都实施的检验。由进口商负担检验费用，检验结果判明后，在判断合法之前不允许进口。
指导检验（自主检验）：
参考有无规格标准、农药和添加剂的使用情况以及同种食品的违法信息，作为进口商自主卫生管理的一环，国家指导进口商定期（包括初次进口）进行的检验。
监控检验：
进口多种多样的食品，为大幅度监控食品的卫生状况，必要时强化进口时的检验，国家根据年间计划实施的检验。由检疫所实施，不用等待检验结果就可以进口，但发现违法时，进口商要尽快回收。
行政检验（监控检验之外的）：
作为监控检验之外的行政检验，初次进口时、判明违反食品卫生法时、运输途中发生事故时，必要时，由检疫所的食品卫生监视员进行的现场检验。
申报手续的简化、快速化制度：
关于进口申报，通过利用以下制度，可加快手续。
事前申报制度：
对于所有的食品，货物到达预定日7天以前，检疫所窗口可以接受进口申报。经审查，判断为不必检验的进口申报，货物到达后可直接出具已申报进口证明。又，器具、包装容器、婴幼儿用玩具，要提交卫生管理说明书，过去半年没有卫生上的问题，该货物运输保管方法上没有特殊问题的食品，在货物到达前也可以出具已申报证明。
计划进口制度：
对于规定的食品，同一食品反复进口时，在申报书上添加进口计划及进口实绩，不必每次进口时都申报。根据食品不同，提交1年或3年的进口计划及提出日之前3年间的进口实绩，审查结果，应该判断没有问题才行。又，对于使用该制度进口的食品，每年都要报告进口实绩。
接受外国检验机构的检验结果
出口国政府确认本国具有一定检验能力的试验检验机构，预先由出口国政府向日本厚生劳动省提出委托，作为外国官方检验机构列表公布。
把接受外国官方检验机构事前的检验报告作为附件，添加到申报书当中，该项目的指导检验可以省略。但是，运输途中有可能发生变化的项目（细菌、霉菌毒素等）除外。
而且，外国官方检验机构，区分为可以检验所有国家·地域出口的食品机构和只对该检验机构所在国·地域出口的食品进行检验的机构。
同一食品的继续进口
运输途中有可能发生变化的项目（细菌、霉菌毒素等）除外，初次进口时，该货物有关的检验报告随附到申报书当中，审查结果判断没有问题时，同一食品如果反复进口，下次进口开始的一定期间，可省略指导检验。但，命令检验、有特殊规定时除外。
进口食品等事前确认制度
通过出口国政府，向厚生劳动省提交的来自生产者的申请，事前根据法律判断符合规格标准时，可在厚生劳动省注册。注册的食品，如在注册有效期内，可省略指导检验（实施检验命令及监控检验的食品除外），审查后可直接出具已申报证明。
产品注册制度
作为进口申报事项的一部分及有关信息，可以简化申报书的部分填写。事前可在检疫所窗口进行注册，出具的注册号在申报书上标明。但，注册是有有效期的。
不用进口申报的食品检验结果的接受
对于不用进行进口申报的食品，确认其实施的检验结果、添加的确认书、检验报告的检验项目等满足一定的要件时，可以接受其检验结果。但是，运输途中有可能发生变化的项目（细菌、霉菌毒素等）除外。
