地中海果蝇（Ceratitiscapitata）是埃及柑橘扩大市场的主要障碍，特别是在出口水平。美国农业部在其报告中说，埃及政府正在资助一项解决果蝇和减少害虫传播的项目，帮助控制出口水果的质量。
一些进口埃及水果的国家，包括俄罗斯和乌克兰，都抱怨果蝇造成的产品损害。根据中央检疫部门的消息，大部分被拒绝的货物来自莫斯科，最后一批货物在2015年5月被拒绝，总共120吨被感染。
消息来源指出，减少苍蝇在出境运输中的存在需要使用冷处理系统，但一些国家拒绝受感染的货物，为了防止疾病蔓延到他们的土地。
农业作物出口理事会和农业部宣布了一项关于橙色农场的规定，该条例宣称必须遵守一个新的食品安全制度，包括登记注册和编码出口型农场。其目的是防止劣质产品的出口, 从而降低产品的竞争力, 限制开放新市场的能力。
去年，农业农作物出口委员会已经开始对生产葡萄、草莓和辣椒的养殖场进行登记，以改善对杀虫剂使用的管理，而柑橘养殖场尚未进入该系统。
这一举动是由于一些进口国最近对埃及产品的禁令，由于农药残留，主要是沙特阿拉伯、阿联酋、巴林、科威特和苏丹。
