来自华南理工大学食品科学与工程学院的雷忠华、陈聪聪和陈谷从高通量测序技术的基因组和转录组层面的研究出发，综述了近8 年来宏基因组学与宏转录组学在研究发酵食品微生物群落结构、相互作用及挖掘功能基因等方面的进展，并分析讨论其面临的主要问题和发展趋势，为未来发酵食品的科学研究和工业生产提供一定参考。
1.宏基因组与宏转录组
1.1宏基因组
宏基因组技术通过收集环境样品，提取样品微生物（包括全部的可培养与不可培养的微生物）的总DNA，构建宏基因组文库，从基因组文库中筛选功能基因或直接进行高通量测序分析，来研究群落中物种多样性并挖掘功能基因。
1.2宏转录组
宏转录组是指在某个特定条件或特定时空，群落中所有微生物基因转录本的总和，可用于原位衡量微生物群落宏基因组的表达水平，筛选出高表达活性功能基因和微生物。
近年来基于测序的宏转录组学在各种环境和人体微生物群落研究中被广泛应用，不仅可以鉴定群落中微生物基因表达水平，比较不同微生物转录表达谱，进而了解群落的演替变化；还可以分析群落中微生物的胁迫响应，研究优势菌群的代谢途径和筛选特定功能的基因。
2.宏基因组与宏转录组在发酵食品微生物群落研究中的应用
2.1 奶酪
奶酪的微生物群落是由各种细菌、酵母菌和霉菌等组成，它们相互作用并经一系列生化反应后形成奶酪独特的感官性能和风味。
目前奶酪表皮微生物群落的参考基因组序列较为丰富，为宏转录组分析奶酪成熟过程中表皮微生物群落提供了更大的可能性，奶酪持续成为发酵食品微生物研究对象的热点。
2.2 发酵蔬菜
作为一种传统的发酵蔬菜产品，泡菜发酵过程中微生物种类复杂，近年来宏基因组、宏转录组已应用于泡菜发酵过程中微生物群落的研究。
中国各地有丰富多样的传统发酵蔬菜，近年来的研究报道有不少基于rRNA基因片段或ITS区测序的微生物多样性分析。
2.3 发酵普洱茶
普洱熟茶属典型的发酵茶，它区别于普洱生茶是在于其经“渥堆”工艺制作而成。“渥堆”是多种微生物参与的以茶叶为基质的固态发酵过程，参与发酵的微生物种群结构对普洱熟茶品质的形成发挥着至关重要的作用。
2.4 发酵可可豆
可可豆是生产巧克力的重要原材料，采收后的可可豆经发酵、干燥和焙烤形成巧克力特有的风味和口感，其中发酵阶段主要是由酵母菌、乳酸菌、醋酸菌将糖转化为酸的一系列生化过程。近年来已有采用宏基因组学对可可豆发酵过程中微生物群落结构及功能的研究。
2.5 其他
宏基因组和宏转录组还应用在其他多种发酵食研究中，如酱油、酒类。
