据介绍，农业部每年制定转基因生物安全监管方案，强化属地化管理和研发人“第一责任人”制度，突出重点，加强源头管理，严把研发试验关、品种审定关、生产流通关，有效防范转基因育种材料和转基因种子非法扩散。农业部门内部形成多单位联合工作机制，在春耕备耕、秋收冬种、购种销种关键时节，对制种基地和种子生产基地等重点区域开展拉网式排查，对近年发现有问题及被举报的种子企业、经营门店和乡村经销点全覆盖抽检，重点市县分组包片，严防非法转基因种子落地。同时加强与公安、工商等部门的合作，形成联合执法的工作局面，严肃查处违法种植、经营等行为，发现一起，查处一起，形成安全监管的高压态势。
据了解，对于个别地区存在违法零星种植转基因作物的情况，农业部门予以严厉打击。湖北曾发生非法种植转基因水稻现象，湖北农业厅联合公安部门成立专案组，铲除了非法种植的水稻，持续加大监管力度，近年监测中，湖北基本上没有发现转基因水稻种植。
2016年以来，辽宁省农委联合公安、工商等部门坚决依法查处有关案件，公开了3起转基因玉米种子违法案件，查明了转基因玉米种子的来源，并对当事人依法进行了严惩。经过严格执法，严肃查处、严厉打击、公开曝光，有效遏制了转基因作物违规种植。
