1)使用流动相尽量要清洁，除非实践证明其它纯度级别的溶剂可用，否则使用高效液相色谱流动相专用试剂。
2)进液处的沙芯过滤头要经常清洗；
3) 配制两种或两种以上洗脱液时，一定要先脱气再使用，保证流动相系统中不要形成气泡。
4) 更换溶剂时，一定要对系统进行冲洗。如果两种溶剂互不相溶，则应先用与这两种溶剂都能互溶的溶剂进行冲洗，再用新溶剂进行冲洗。
5)避免泵内堵塞或有气泡;
6) 定期检查泵的润滑，只使用仪器说明书指定的润滑油。
7) 定期检查检测器噪声、漂移，定期进行检测器校正。
进样器的保养：
每次分析结束后，要反复冲洗进样口，防止样品的交叉污染
色谱柱的保养：
1)柱子在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动；
2)当柱子和色谱仪联结时， 阀件或管路一定要清洗干净；
3)要注意流动相的脱气；
4)避免使用高粘度的溶剂作为流动相；
5)进样样品要提纯；
6)严格控制进样量；
7)每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品；
8)每天分析测定结束后，都要用适当的溶剂来清洗柱；
9)若分析柱长期不使用，应用适当有机溶剂保存并封闭；
检测器的保养
检测器耐压都比较低，有些例如示差折光就更低，注意废液管不要堵塞，以致检测器受损，如果检测器串联注意耐压最低的放最后面。
对于波动比较大的检测器，为了好的实验效果，要选择稳定的条件。如示差折光，不易温度波动，不易梯度。
