目前，开展的转基因苜蓿研究主要分为以下几个方面：
1
抗旱、抗寒
在干旱、温度低的环境中，苜蓿细胞中会积累大量的活性氧，导致苜蓿细胞严重损伤。通过转基因的方法导入超氧化物歧化酶可以消除活性氧，提高苜蓿抗旱、抗寒的能力。
2
耐盐
土壤盐碱化是影响农业生产的重要问题，我国西北地区以及内蒙是传统的畜牧业生产区，近年来由于气候的变化，土壤盐碱化的现象日益突出。苜蓿是中等耐盐作物，通过转基因的方法提高耐盐能力，对苜蓿的生产具有重要意义。Winicov等将转录因子Alfinl基因导入苜蓿中，增强了盐诱导的MsPRP基因的表达，提高了植株的耐盐性。
3
抗虫
通过导入来源于苏云金芽孢杆菌的Bt蛋白基因，对多数鳞翅目害虫有毒杀作用，提高植株的抗虫能力。
4
抗草
通过导入抗除草剂基因（CP4-EPSPS）可以起到抗草甘膦类除草剂的效果。
5
其他品质改良
在苜蓿品质改良方面，主要是提高苜蓿含硫氨基酸的含量、消化率以及提高固氮能力。
我国畜牧业高速发展，对苜蓿草的需求也日益增加，苜蓿种植面积占全球15%，同时也是世界上最大的苜蓿进口国。目前，转基因苜蓿草不在农业部公布的农业转基因生物安全证书（进口）批准清单中，我们国家也未批准进口转基因苜蓿草用作加工原料。
转基因苜蓿草的检测标准有SN/T 1204-2016，但是该标准缺少苜蓿草的品系鉴定；农业部2122号公告-6-2014、农业部2122号公告-7-2014用普通PCR法可对转基因苜蓿草J163、J101品系进行定性检测。SMQ食品检测所通过查找相关文献，通过实时荧光PCR法可对苜蓿草J101、J163品系进行检测。
