论文第一作者Luke Thompson博士（之前是Knight实验室的一名博士后研究员，当前是美国国家海洋与大气管理局的一名研究助理）说，“微生物是无处不在的。然而，在这项大规模的工作开展之前，微生物群落组成的变化主要通过重点研究某个时刻一个地方的一种样品类型而被鉴定出来的。这就使得在不同的环境和地理环境中找出普遍的原则变得困难。”
地球微生物组计划的成员通过对16S rRNA基因进行测序，分析了不同环境、地理位置和化学反应中的细菌多样性。16S rRNA基因是细菌和古生菌的特异性遗传标记，可作为“条形码”鉴定出不同类型的细菌，从而允许研究人员在来自全世界的样品中追踪它们。这一计划的研究人员也利用一种新的方法消除这些数据中的测序错误，使他们能够更加准确地了解这些微生物组中独特序列的数量。
在第一次公布的数据中，地球微生物组计划的研究人员鉴定出大约30万个独特的微生物16S rRNA序列，其中将近90%在现有的数据库中找不到精确匹配的序列。
在现有的数据库中，16S rRNA序列的数量是有限的，这是因为它们的设计初衷并不是为了让人们在未来以一种有用的方式添加数据。论文共同作者、Knight实验室博士后研究员Jon Sanders博士将这些其他的数据库与地球微生物组计划之间的差别比作为电话薄与脸书（Facebook）之间的差异。他说，“以前，你必须将你的序列列出来，这种列表含有非常少的关于这个序列来自何处或者它与哪些序列一起发现的信息。如今，我们设计出一种支持所有附加内容的框架，而且该框架能够有机地增加以便支持新的问题和见解。”
Gilbert说，“有大量的微生物多样性仍未编入目录。迄今为止，在所有已知的细菌序列中，我们已经‘重新捕捉’了大约一半。利用这些信息，地球微生物的分布模式已正在浮现。”
根据Gilbert的说法，最令人惊讶的发现之一是独特的16S rRNA序列比科学家们通常使用的物种单位更能反映特定的环境。地球微生物组计划取样的环境多样化有助于证实局部环境对微生物组产生多大的影响。比如，鲸目动物（鲸鱼和海豚）和鱼类的皮肤微生物组彼此之间的类似性要高于它们与它们游动的水域的微生物组之间的类似性；相反，盐水中的盐让盐水微生物组与淡水微生物组截然不同，但是它们彼此之间的类似性仍然高于它们与水生动物的皮肤微生物组之间的类似性。总的来说，人类或动物等宿主的微生物组与自由生活的微生物组，如在水和土壤中发现的那些微生物组存在着相当大的差异。比如，在一般情况下，这些自由生活的微生物组要比宿主相关的微生物组具有更大的多样性。
Jansson说，“这些全球生态学模式表明进行协调取样（coordinated sampling）和累积取样（cumulative sampling）是有可能的。考虑到维度和海拔等因素，以及追踪随着时间的推移环境发生的变化，还需要更多地取样。地球微生物组计划为探索大量问题提供了一种资源，同时也是引导获取新数据来解答这些问题的一个起始点。”
