流动相脱气不充分
流动相受热，或者流动相不同组分混合时会有气体产生，气泡进入泵内引起压力波动，增加噪音，色谱图上出现毛刺。可试用下列方法解决问题：流动相再脱气；采用更有效的脱气方法或两种方法配合使用；改系统内混合为系统外预混合。
02
流动相供给不畅
流动相用完，管道中吸入气体引起泵压力不稳。应经常观察储液器中流动相的量，加足流动相保证所有的样品分析完毕。输液管道上装沉子沉至瓶底，储液器盖上留一小孔正好夹住进液管，使其不能上下移动。
过滤器阻塞引起管道和泵腔空化，压力不稳。过滤器被微粒所阻塞或长霉，去掉过滤器后如果系统运转正常，说明已找出问题，换上新的过滤器则可。有时候换上新的过滤器仍然不畅，那就需要查查流动相的制备过程，或者换大孔径的过滤器。不管如何，流动相都需要重新过滤。
流速过高、阻力大，造成空化现象，这是由于过滤器孔径、管道内径、流速和溶剂黏度等引起的。如果流速大于10mL/min，常会出现这种现象。
使用下列方法解决：
（1）使用低流速；
（2）换大孔径的过滤器；
（3）增加进液管道内径；
（4）抬高或加压储液器；
（5）不用过滤器，但流动相一定要先过滤；
（6）储液器盖子太紧，在储液器内形成真空，打出的流动相不连续。应松开盖子或留有1mm的缝隙；
（7）进液管道阻塞或弯曲使泵抽不到液，注意调整进液管道或更换新的。其它问题包括渗漏或接头松动、泵部件损坏等，都能引起供液不正常。
03
流动相和储液器被污染
由于污染，噪音越来越大，检测器基线上升。污染物可能被泵以稳定的浓度打入系统，而再以稳定的浓度流出来，所以在色谱图中不出多余的峰。用梯度洗脱时弱流动相可以使污染物聚在柱顶，流动相强度增加后污染物可能被洗脱出来一个大的伪峰。有时基线噪音突然增大或突然提高，都是因为反复加进新的流动相或系统用得太久（通宵）所造成的。新加进的流动相有污染物或者流动相长霉，繁殖了细菌。
脏的储液器会污染清洁的流动相。每种流动相备有专用的储液器，或者定期报废储液器。
04
流动相污染来自这几个方面
试剂质量不高，玻璃器皿不合格；
微生物的影响；
配制流动相时操作不当等；
因此要求高纯度化学试剂和HPLC级溶剂；
玻璃器皿按规定清洗干净；
为防止微生物生长，每天要用甲醇清洗系统；
怀疑系统内生长了微生物，可用稀硝酸冲洗即可（注意不要损坏柱和管道系统）；
真空脱气时防止泵油带入流动相；
用清洁的惰性塞子、搅棒、过滤器和玻璃器皿配制流动相；
已经污染的流动相一定要废弃掉。
