1. 液相系统没有平衡好，柱子里的流动相一直在变化，在检测器里面的吸收就会一直变化，导致基线波动的发生。梯度时如果起始比例的流动相平衡时间过短也会造成基线波动;比例阀故障也会引起流动相比例变化，导致基线波动。
2. 流动相中的有机相和缓冲液的比例一定要注意调配好，有机相的比例不能过大，要不然会出现缓冲盐在柱子里析出的情况，这样不但会造成基线波动的发生，甚至会造成色谱柱毁坏。
3. 没有脱气机的仪器，当流动相未脱气或脱气未彻底时，基线会出现尖刺峰;有脱气机的每次使用前都要检查一下是否正常工作。特别是正相系统，是否脱气的影响会更加明显。
4. 避免流动相杂质。当大家使用梯度作为组分洗脱方式的时候，最好使用超纯水（水的质量有时候影响非常大），加入试剂也最好都使用HPLC级别。因为在梯度中随着有机相(洗脱力较强)的不断增加，流动相系统里的杂质会在基线上反映出来，导致出现鬼峰或基线波动。
5. 当色谱柱被污染时，也会造成基线波动。这里特别要注意的是大家在做合成中控实验的时候，最好不要用合成的原始反应液直接进样，因为原液里面很可能有很多非极性或极性很小的化合物，一旦进入到反相色谱柱里和非极性的C18发生相互作用，很可能就洗脱不下来，这会使色谱柱变性或者慢慢的被洗脱下来，造成后续的分析出现不稳定的鬼峰或者基线波动; 需要更换保护柱或冲洗色谱柱。
6. 检测器的流通池被污染，这会造成吸收的不恒定，此时需要清洗流通池。
7. 检测器灯能量不足时，吸收会变得不稳定，这时基线一般也不稳定，特别是在低波长处尤为明显。
8. 当使用低波长检测时，有时流动相会使用两相或以上的等度，这时混合器的很小的混合比例的误差都会被放大，很有可能会使基线发生波动，这时将流动相按比例预先混合，然后单通道洗脱，一般都会使情况改善很多。这是由于比例阀的混合模式是按照每个单独的泵开启的时间来达到比例混合的目的的。
9. 流动相里的有机相的截止波长最好要小于检测波长20nm以上，这一点切记，比如甲醇的截止波长是205nm，乙腈是190nm。当使用230nm以下的检测波长时，如果条件允许，最好使用乙腈，可以避免基线波动，其余类推。（当然，某些时候我们也会在低波长下用到甲醇，这里是由于甲醇的特殊选择性，这点另当别论。）
10.实验室环境不稳定(比如温度忽高忽低，气流不断变化等)，这对于没有柱温箱或只有单向温度变化的HPLC仪器的影响尤其明显;即使有比较好的柱温箱时，也要注意环境温度的稳定性，否则基线也可能会波动;此外实验室有电磁干扰时，也有可能会导致此问题的发生。
（这里插播一个问题，如果把你的液相搬到0℃的冷库中工作，会怎么样？）
11.仪器出现问题也会造成基线波动，这种情况下通常也会出现压力不稳。比如流动相过滤头堵塞、入口主动阀滤芯污染、单向阀被污染物堵塞、泵头有气泡、系统流路漏液，比如管路裂开、peek接头没完全连上色谱柱而导致的泄露等。
12.一些比较老的液相仪对电压要求很高，电压有点起伏检测器就会反应教明显。这时需要配一个稳压电源来解决此问题;此外仪器和电脑之间连接的数据线出问题或老化也可能会使基线波动。
