首先、实验室应制定菌种管理制度
内容包括菌种申购、保管、领用、使用、传代、存储等方面的内容，质控菌种申购应由专人申购，保管由专人双人双锁管理，领用及使用应填写记录，使用时应对菌种进行纯度及生化特性进行菌种核查验证并记录，存储应有专门的冰箱、超低温冰箱进行存储，使用完的菌株应按要求销毁处理。
第二、实验室可根据需求购买相应的标准菌株或商业派生菌株作为质控菌株
实验室用菌种一般来自认可的国内或国外菌种保藏机构的标准菌株，或与标准菌株所有相关特性等效的可以溯源的商业派生菌株。要求包装可靠，采集迅速，不泄漏不污染。保证菌种合格和环境安全。因此，需选择有资质的标准菌株的合格供应商，每批标准菌株必须附带有供应商的菌种质量证明证、检测报告、说明书等，来证明所采购的标准菌株是合格的。收到菌种时应仔细阅读菌种证明，核实到货的菌种与申购的是否一致，包装是否完整，注意保存条件及有效期，并将菌种放置相应的条件下进行储存（一般在活化前储存于4℃冰箱中）。核实后及时填写菌种清单，菌种清单应包括菌种名称、菌种编号、到货日期、储存条件、购买数量、领用日期、领用人、销毁日期等。
第三、实验室需对标准菌种活化、确认、传代保藏、使用、销毁进行记录。
记录内容包括菌种名称、菌种编号、到货日期、菌种完整性、菌种活化日期、活化方法（主要包括活化使用的培养基及培养温度）、活化数量、确认方法结果、保藏条件，保存数量、领用人、传代日期、传代数量、菌种用途、销毁日期等。菌种确认是在活化后对菌株纯度、菌落形态（在选择培养基上的典型菌落）、生化特性（如氧化酶试验、三糖铁试验等）、表型分析（生化鉴定）进行核查并记录，以保证菌种使用的有效性。
菌种保藏方法可依据标准SN/T2660-2010《食品微生物实验室菌种保藏方法》进行保存。建议实验室购买-80℃超低温冰箱，选择甘油保存法或瓷珠菌种保存管，瓷珠菌种保存管方法操作方便，保存时间较长。菌株使用过程中应在生物安全柜中进行，遵循无菌操作以防菌种污染。使用完的菌种应按生物安全要求，在121℃高压灭菌30min，并做好菌种销毁记录。
