在沉默一个多月后，7月5日，农业上市公司山东登海种业股份有限公司（登海种业，002041.SZ）发布公告证实，其伊犁分公司在新疆维吾尔自治区伊犁州巩留县的种子生产基地，于5月下旬被当地农业主管部门认为有违规种植情况，公司副总经理李洪胜被当地公安机关采取强制措施，现案件正在调查中。
多个独立的消息源此前向财新记者透露，登海种业在新疆巩留县的种子基地被查出涉嫌非法制种转基因玉米，有包括公司高管在内的多人被采取强制措施。
7月3日，财新记者先后致函国家农业农村部新闻处和种子管理局查询此事，到截稿时尚未获得官方回复。
“我们能说的只能是涉嫌，现在这个事正在调查核实，还没有出结论。”一位接近农业农村部种子管理局的人士表示，“作为立案查处的话，需要固定证据，形成一个完整的证据链来做完这个案子，这是需要一个过程的。”
6月21日财新记者曾赴新疆巩留县实地采访，在县城向南10多公里的塔斯托别乡伊勒格代村村口，可以看到一望无际的玉米田，玉米田当中，几座输电铁塔的下方，有大片裸露的黄色土地，在前后左右包围的绿色玉米苗中显得格外显眼。
伊勒格代村村民表示，这些黄色地块上原来种植的玉米青苗，于5月份被当地农业局检测出转基因成分，并在当月被铲除。
村民介绍，该村村民与村委会签订协议，将土地承包给村委会，村委会又将土地承包给巩留县一位名叫杨冬冬的种粮大户。杨冬冬在该村种植了4000亩制种玉米及6000亩的饲料玉米。“5月份，县农业局在杨冬冬的制种玉米田里查出了转基因，不到一个礼拜，就安排了至少五六辆大马力拖拉机，将查出转基因的制种玉米田翻了一遍，把玉米苗给铲了，剩下了少部分不是转基因的制种玉米。”一位村民描述道。
在杨冬冬的玉米地里，一位自称是杨冬冬朋友的人士对财新记者表示，杨冬冬的制种田前几年没有查出过转基因，今年是第一次查出转基因，这次被铲掉的是替登海种业种的制种玉米。“登海肯定要赔偿的，你把转基因的东西给我种了，你得给我赔钱。”不过他表示，目前一亩地按照多少钱赔还不清楚。
登海种业伊犁分公司的一名员工对财新记者表示，登海种业确实在巩留有一个签了合同的种粮大户叫杨冬冬，帮登海种业制种没几年。但对于涉嫌制种转基因玉米被查一事，他表示并不知情。只是称分公司负责人王永军出差了，具体去哪儿不清楚。财新记者未能联系上杨冬冬。
巩留县为新疆伊犁州所辖。伊犁州位于新疆的西部，气候适宜农业。从伊犁州首府伊宁市出发，向东南驱车两个多钟头，就到达巩留县城。据巩留县政府官网，巩留是新疆最大的玉米制种基地。据巩留县政府官网2015年消息，山东登海种业股份有限公司伊犁分公司位于巩留县城北农牧科技产业区，占地面积50亩，成立于2003年4月，当时由总公司出资1500万元建成了300吨的果穗烘干生产线，是一家集科研、生产、加工、销售为一体的农业高科技公司，主要从事农作物新品种选育、农业新技术开发及成果转让、技术推广、技术咨询、培训服务、进出口业务等。2010年企业进行改扩建，建成了1200吨果穗烘干生产线。2012年4月，登海种业继续扩大生产规模，投资1.2亿元新建4条1500吨果穗烘干生产线，并配套建设成品库、配电室、办公楼、晒场等。
登海种业是著名玉米育种和栽培专家李登海研究员为首创建的农业高科技上市企业，位居中国种业五十强第三位，是“国家认定企业技术中心”、“国家玉米工程技术研究中心（山东）”、“国家玉米新品种技术研究推心”和“国家首批创新型试点企业”。李登海是全国人大代表。
据登海种业2017年年报，此次被新疆公安机关采取强制措施的公司高管李洪胜，1970年6月出生，农艺师，2010年8月至2013年7月任登海种业生产部经理，2013年8月至今任登海种业生产加工部经理，2016年8月任登海种业副总经理。新疆昌吉州登海种业有限公司的一位工作人员对财新记者表示，登海种业伊犁分公司由总部直接管理。
针对公司副总经理李洪胜被当地公安机关采取强制措施，是否因为涉嫌非法制种转基因玉米，登海种业董秘原绍刚对财新记者表示，目前“不好确认，现在还没有正式的声明”。
新疆维吾尔自治区公安厅、伊犁州农业局和州委宣传部、巩留县农业局和县委宣传部均拒绝了财新记者的采访。伊犁州种子管理站站长孙川桥对财新记者表示，巩留县的案子已经移交公安，目前情况他并不清楚。伊犁州公安局警令部主任吴晓娟对财新记者表示，巩留县的案子目前正在侦办过程中，不接受采访。
作为玉米制种大县，巩留县并非首次查出非法制种转基因玉米。据巩留县政府官网消息，2016年5月20日起，巩留县种子管理站工作人员对全县53952亩制种玉米基地进行了检测，全县选取了70余个点，发现父本疑似转基因制种玉米2处，共计1200亩，其中提克阿热克乡莫因古则村800亩，塔斯托别乡卡拉巴克村400亩，均为吉林德丰种业公司所制。吉林德丰种业公司委托人王平承认制种玉米父本为转基因玉米，并愿意承担给农户造成的损失，每亩赔偿农户1200元，截止5月30日，1200亩转基因玉米已经全部铲除完毕。
农业部认可转基因作物本身的安全性，但对转基因作物品种的审定和产业化非常审慎，积极打击转基因作物的非法种植。目前中国已批准可用于商业化种植的转基因品种主要是转基因抗虫棉和转基因番木瓜，主粮转基因品种的商业化种植都是违法的。但近年来各地依然发生多起偷种转基因主粮作物事件，包括湖北多地发现种植转基因大米、辽宁多地发现种植转基因玉米等等。国内亦有多家大型种业公司被曝出涉嫌非法制种或者生产销售转基因种子，包括著名农业科学家袁隆平担任名誉董事长的隆平高科（000998.SZ）旗下子公司等。
