畜牧业是发展最快的农业部门之一，据统计2014年畜牧业产值占农林牧渔总产值的28.33%，每年增长速度约9%。抗生素的使用在畜牧业中起到至关重要的作用，畜牧业中抗生素的使用通常可分为两部分：
一是治病用抗生素，主要用于动物疾病的防治,降低畜禽发病率和死亡率；
二是作为饲料添加剂用抗生素(作为动物生长促进剂)，饲用抗生素主要用于促进动物生长，减少疾病的发生以及提高饲料利用率，降低生产成本等。
畜牧业长期大量使用抗生素会造成诸多问题：
1、细菌耐药性增加，提高生产成本；
2、加大超级细菌风险，新型耐药菌出现仅需2-3年，而针对新型耐药菌的药物开发则需要更长时间。据外媒报道，英国超市出售的鸡肉检出了超级细菌，这种细菌对某些药效最强的抗生素有耐药性；
3、人用抗生素问题已经比较严峻，畜牧用抗生素残留和超级细菌问题对人类来说更是雪上加霜，增加人畜共患病风险；
4、抗生素主要通过代谢排出体外，对环境造成严重的污染，尤其是水环境影响较大。
虽然国家出台政策严控畜牧抗生素的使用，但畜牧抗生素问题依然严峻。随着农业生产水平的提高，增强动物自身抵抗力以减少抗生素的使用成为了新的研究课题。大量的研究结果表明，微生物饲料添加剂对促进动物生长发育，提高免疫力、防病治病，改善饲料适口性和转化率等方面具有显着效果，微生物的普遍适应性更强，我国农业部已发布可用于动物饲料添加剂的微生物有30多种。
不同动物的生存环境和体质不同，导致对动物益生菌的研究并没有那么深入，单一物种使用多种菌株的好处还没有明确的建立，目前商业化饲料微生物主要为多种菌株的混合物。随着人们消费意识的提高，绿色食品概念逐渐深入人心，要实现畜牧业的绿色化，就需要从动物微生态考虑，开发出新的技术创新。因孢子形成细菌，而孢子对物理和环境因素有较强抵抗力，在机体内可以发挥更好的作用，因此国外有研究机构重点研究开发孢子类有益菌，这也给更多企业提供开发思路。
虽然益生菌的使用可能是解决抗生素耐药性问题的一种潜在可行的解决方案，但它需要进一步研究益生菌的作用、作用机制和安全性，还需要确定在动物营养中使用的益生菌是否进入人类食物链，以及它们如何影响人类健康，对特殊人群的具体预防措施，例如免疫缺陷等。随着胃肠道微生物学知识的发展和益生菌研究的深入，益生菌产品在动物营养中的应用将越来越深入。
