1.埃希氏菌属（Escherichia）
该属由符合肠杆科定义的有动力和无动力的细菌组成，其中包括五个种：蟑螂埃希氏菌、大肠埃希氏菌、弗格森埃希氏菌、赫曼埃希氏菌和脆弱埃希氏菌。其中大肠埃希氏菌与人类最为密切，它是人肠道菌群的一部分，而其中有几种致病性的大肠埃希氏菌可能会引起尿道感染、菌血症、脑膜炎和腹泻等症状。目前至少有四类已经被认知的致泻性大肠菌群：产志贺氏毒素的大肠埃希氏菌（STEC）也被称为肠出血性大肠埃希氏菌（EHEC）、产肠毒性大肠埃希式菌（ETEC）、肠致病性大肠埃希氏菌（EPEC）和肠侵袭性大肠埃希式菌（EIEC）。
2.沙门氏菌属（Salmonella）
该属是有符合肠杆科定义的有动力的细菌组成，目前该属分为肠沙门氏菌和本哥利沙门氏菌。其中肠沙门氏菌分为6个亚种，亚种Ⅰ为肠亚种，亚种Ⅱ为撒拉姆亚种，亚种Ⅲa器亚利桑那亚种，亚种Ⅲb为双向亚利桑那亚种，亚种Ⅳ为赫顿亚种，亚种Ⅵ为因迪卡亚种。
3.志贺氏菌属（Shigella）
该属是由符合肠杆科的无动力细菌组成。有四个血清群作为四个种：血清群A是痢疾志贺氏菌，血清群B是福氏志贺氏菌，血清群C是鲍氏志贺氏菌，血清群D是宋氏志贺氏菌。在19世纪末的时候，志贺氏菌作为细菌性痢疾的病原菌被人了解，志贺氏菌可以引起血性腹泻（痢疾）和非血性腹泻，任何其他大的灵长目动物是志贺氏菌的为宜自然宿主，美国和其他发达国家的志贺氏菌感染主要由宋氏志贺氏菌引起，而在发展中国家最常见的血清型是福氏志贺氏菌和痢疾志贺氏Ⅰ型。
4.肠杆菌属（Enterobacter）
革兰氏阴性菌，周生鞭毛（通常4根-6根）运动。兼性厌氧，容易在普通培养基上生长。肠杆菌属、克雷伯氏菌属、柠檬酸杆菌属、沙雷氏菌属均被认为是临床性病原体。
5.弧菌属（Vibrio）
革兰氏阴性的棒状菌。本属细菌种类多，分布广泛，尤其是水中最为常见。形状短小，约0.5μm×（1-5μm），因弯曲如弧而得名。分散排列，偶尔相互连接成S状或螺旋状。革兰氏染色阴性，菌体一端有单鞭毛，运动活泼。无芽孢，无荚膜。需氧或兼性厌氧，分解葡萄糖，产酸不产气，氧化酶阳性，赖氨酸脱羧酶阳性，精氨酸水解酶阴性，嗜碱，耐盐，不耐酸。我们检测常见的是副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）。该菌是在1950年日本一次肠胃炎爆发后被首先确定为致病菌，引起的病例一般是使用污染的海产品所致，其所致肠胃炎特征包括恶心、呕吐、腹部痉挛、低热、寒战、水样腹泻和血便。
6.葡萄球菌属（Staphylococcus）
革兰氏阳性球菌（直径0.5μm-1μm），可以单独，或是几个成簇排列。Ogston将能够引起炎症及化脓的一群微球菌命名为“葡萄球菌”，Rosenbach在分类学意义上引用了该术语，首次定义为葡萄球菌属。该属无动力，非芽生，无荚膜或有限荚膜。多数为厌氧菌，除了腐生葡萄球菌和金黄色葡萄球菌厌氧亚种外，多数细菌在有氧条件下生长更加迅速。葡萄球菌大多寄生在哺乳动物和鸟类的皮肤、皮肤腺和黏膜中，但在宿主的口、血液、上呼吸道以及肠道等也有分离出该菌。凝固酶阳性的金黄色葡萄球菌是人的条件致病菌，食物中毒多是葡萄球菌的肠毒素引起的。
7.李斯特菌属（Listeria）
革兰氏阳性无芽孢棒状杆菌。目前已知的李斯特氏菌属有7个菌种，即单核细胞增生李斯特氏菌、绵羊李斯特氏菌、英诺克李斯特氏菌、威尔斯李斯特氏菌、西尔李斯特氏菌、格氏李斯特氏菌和莫氏李斯特氏菌。菌属中引起食物中毒的主要是单核细胞增生李斯特氏菌。
8.乳杆菌属（Lactobacillus）
革兰氏阳性，不生孢。细胞函件以周生鞭毛运动。兼性厌氧，有时微好氧，在有氧时生长差，降低氧压时生长较好；有的菌在刚分离时为厌氧菌。细胞杆状，通常规则为长杆状，但有时几乎是球状或短链。在营养琼脂上的菌落凸起、全缘和无色，直径2mm-5mm。
当然食品中的细菌菌属远远不止以上8种，常见的菌属还有梭状芽胞杆菌属、芽孢杆菌属、微球菌属、希瓦氏菌属、克罗诺杆菌属、欧文氏菌属、假单胞菌属等等，其实经过统计，食品中常见的细菌菌属大约有40个，而以上8个菌属是我们在进行食品微生物检测时经常遇到的。
