例如，曾报道ATCC保藏的6500多株菌种中，仅有不到100株无法用这个方法保藏。其原理是创造干燥和低温的保藏环境。基本方法是在较低的温度（-15℃）下快速将微生物细胞或孢子冻结，保持菌种的细胞完整，然后在减压情况下使水分升华，这样使细胞的生长代谢等生命活动处于停止状态，得以长期保藏。
其操作步骤如下：
① 安瓿管的处理。安瓿管的内径一般为8～10mm，长度不小于100m。先用毛细管加入洗涤液浸泡过夜，再用蒸馏水洗干净后烘干，瓶口加棉花塞好，并用纸包上，121℃灭菌30min，取出在60℃烘箱中干燥备用。
② 保护剂。其作用是保持菌种细胞的生命状态，尽量减少冷冻干燥时对微生物引起的冻结损伤。保护剂还可以起支持作用，使微生物疏松地固定在上面。保护剂可采用低分子和高分子化合物，如氨基酸、有机酸、糖类、蛋白质、多糖等。常用的有脱脂牛奶和血清。如马血清或马血清加入7.5%的葡萄糖。保护剂用之前采用适当的方法灭菌。
③ 菌悬液制备。应该用最适的培养条件（如培养基、温度、培养时间等）培养菌种，以获得良好的培养物用于长期保藏。培养时间应掌握在生长后期，因为对数生长期的细胞对冷冻干燥的抵抗力较弱；产孢子的微生物须适当延长培养时间以期获得成熟的孢子。一般细菌培养 24～48h，酵母72h，放线菌和丝状真菌7～10d以上。操作时，在无菌条件下先将少量保护剂加入斜面，轻轻刮下菌苔或孢子，制成菌悬液。用毛细滴管取0.1～0.2ml菌悬液加进灭好菌的安瓶管中，塞好棉花塞。
④ 冷冻干燥。冷冻温度达-15℃～-30℃即可。装入菌悬液的安瓿管应尽快冷冻，以防菌体沉淀为不均匀的菌悬液以及微生物的再次生长或萌发孢子。达到冷冻温度后，立即启动真空泵，在15min内使真空度达到66.661Pa。真空度上升至13.3322 Pa以上，可以升高温度至25～30℃。此时由于升华还在继续，样品不会融化。干燥完毕后，关闭真空泵，排气，取出安瓿管在多孔管道上再抽真空并封口。
⑤ 安瓿管的保藏。安瓿管在4～5℃温度下可保藏5～10年，室温下保藏效果不佳。影响保藏效果的因素除菌种、菌龄外，还与样品中的含水量直接有关，通常含水量在1%～3%时保藏效果较好，5%～6%时保藏效果相应降低，含水量达到10%以上，样品就很难保藏。
