1、在条件允许情况下，在使用前最好对新色谱柱按照说明书方法进行柱效测试。以确保色谱柱的正常。
2、所有硅胶基质色谱柱使用温度应低于60℃。
3、样品
最好将样品溶解在流动相或极性相近的溶剂中。如果使用梯度洗脱，则需要将样品溶解在初始流动相或极性相近的溶剂中。样品溶液不应含有任何颗粒物，最好使用0.5μm或更小粒径的滤膜过滤。样品溶液如果使用强溶剂（例如，流动相为正己烷，样品溶剂为乙醇），为达到较好峰形，需要降低进样量（以250x4.6mm规格为例，小于10μL）。
4、流动相
正相色谱所用溶剂通常为氯仿、正己烷、乙腈、甲醇、乙醇等。严禁使用与色谱柱保存溶液不互溶的溶剂作为流动相。 对于某些特殊的应用（例如亲水相互作用色谱），要在流动相中使用与色谱柱保存溶剂不互溶的溶剂（例如水）作为流动相时，须使用20倍柱体积的异丙醇冲洗色谱柱后，方可使用流动相进行平衡。 所有流动相，最好当日实验当日配制，并使用2μm滤膜过滤。
5、 色谱柱平衡
在进行分析之前，请使用至少20倍柱体积的流动相冲洗色谱柱，以使色谱柱达到平衡。
色谱柱的柱体积可以通过以下公式估算：
V=0.68πr2
V为色谱柱柱体积（mL），r为色谱柱内径（cm），L为色谱柱长度（cm）。
6、色谱柱保护
对于“脏”的样品以及组分未知的样品，请尽量使用在线滤器或保护柱，如果可能，使用SPE小柱对样品进行前处理是更好的选择。上述做法可以有效延长色谱柱使用寿命。
7、色谱柱清洗
常规清洗：
在储存色谱柱之前，请用强的溶剂冲洗色谱柱（去除强保留成分，正相色谱柱中通常使用乙醇），然后使用合适的溶剂储存色谱柱。
清洗强保留污染物：
如果色谱柱柱效出现大幅下降，且柱效下降可能由于强保留物质聚积所导致时，使用如下试剂依次清洗色谱柱
20倍柱体积正己烷；
20倍柱体积异丙醇；
20倍柱体积乙腈；
20倍柱体积水；
20倍柱体积乙腈；
20倍柱体积异丙醇；
20倍柱体积正己烷。
8、 色谱柱保存
正相相色谱柱，保存溶剂通常是含乙醇的正己烷，也可在常规清洗后直接保存在乙醇中，切岂保存在含纯水的流动相中，这将导致色谱柱性能的迅速下降。如果需要长时间储藏，则需要注意色谱柱密封，避免保存溶液挥发。
