电泳实验对实验用水的要求很高，实验室纯水机经过特殊处理所制备出的纯水适用于电泳实验。电泳技术中对水有哪些要求呢？
首先，溶液的离子强度要适合。电泳实验中，所用水的离子强度发生变化时，会引起电泳实验中质点迁移率的改变，一般来说，当所用水中的离子浓度增加时，质点的迁移率就会出现降低的现象，出现这种现象主要是因为带电质点将相反离子吸引到周围，因而引起了质点迁移率降低情况。因此，在电泳实验中一定要控制好水中离子的强度。
其次，溶液的PH值。溶液按PH值可以分为碱性、酸性和中性溶液，在电泳实验中，所用溶液的PH值决定着实验能否成功，因为溶液的PH 值决定了被分离物质的解离程度和质点的带电性质，此外还关乎着其所带净电荷量，因此，选择合适的PH值溶液对电泳的实验很重要。
再者，电泳实验中所需用水最重要的需求就是把生物活性物质去除，常见的生物活性物质比如像内霉素(一般情况下不大于0.05EU/ml)、蛋白酶和核糖核酸等。
因此电泳实验中，最佳的纯水指标应该是纯水中的TOC小于10ppb、电阻率为18.2 MΩ.cm、微滤孔径小于0.1μm和细菌含量在1CFU/ml之下。常见的天然水并不符合电泳实验的需求，实验室纯水机制备的纯水能够满足电泳实验对溶液的离子强度、PH值以及生物活性物质等的要求，因而，实验室纯水机在电泳实验中必不可少。
