低聚异麦芽糖分子结构中特有的α－1，6糖苷键，不能被人体消化道中的酶分解，不能被人体直接吸收利用，因此可以直接到达大肠，被肠道有益菌双歧杆菌优先利用，增殖肠内双歧菌群。
低聚异麦芽糖具有柔和的甜味，其甜度约为蔗糖的50％，可用来代替蔗糖，降低冰淇淋甜度和改变味质，而且和其他甜味剂配合使用，可掩盖甜味剂的不良口感，可生产带有布丁感的冰淇淋及雪糕产品。
低聚异麦芽糖对热酸非常稳定，通常生产冷甜食品所用的巴氏杀菌条件也不会对低聚异麦芽糖的功能性产生影响。在冷饮中的应用量不应高于总糖的50%。由于其平均分子量接近于低转化糖浆，因此对产品的品质具有类似稳定剂的作用，对于控制冰晶的形成速度，组织爽滑细腻具有十分重要的意义。
低聚异麦芽糖的冰点下降与蔗糖接近，冻结温度高于葡萄糖，因而低聚异麦芽糖使产品具有更易被冻结，更难被解冻的性能，用于冷饮品制造，冻结较快，可缩短成型时间，降低能耗，提高工作效率。且低聚异麦芽糖有助于在混料的油水界面形成稳定的液化膜，增强水相（非脂）的稳定性，改善品质。
