原子荧光是用该原子的特征光去激发原子外层电子，显然光能比等离子体的能量弱很多，但是现在因为使用空心阴极灯，大大提高了光的能量，而且是锐线光，使部分元素的激发变得容易了许多，因此原子荧光可以比较容易滴应用到汞、砷、硒这一类低沸点元素上。然后被激发的原子外层电子返回低能态，产生发射光谱，这个发射光谱和原子发射光谱是一样的，但是因为是被光激发出来的光，是一种二次发光，所以被称作荧光。 为了避免被一次光（激发光）干扰，荧光的检测器都是设在光路的直角方向。 比较特别的，X-射线原子荧光，激发的是内层电子，产生空穴，外层电子进去补空时，发射出X-射线原子荧光，因为X-射线不可以用普通石英玻璃去做光窗，一般会使用某些金属片做窗户，比如铍。
所以两个光谱法的区别就是：
发射光谱 —— 荧光光谱
1 光源 ： 复杂的激发装置 -------空心阴极灯
2 气化 ： 与激发装置相同 -------直接挥发或者产生氢化物
3 光路 ： 直线光路 ——— 直角光路
4 光栅： 需要单色器 —— 无需单色器
