环境微生物监控主要用于评判加工过程的卫生控制状况，以及找出可能存在的污染源。我国的食品标准从《GB 14881-2013食品生产通用卫生规范》发布以后，也陆续开始出现食品生产企业对环境微生物监控的内容。
14类食品生产企业的环境微生物监控
1、 监控项目的设置
从上方表格我们可以看出，除了个别类别食品具有特殊要求外，大部分类别的食品生产企业的环境微生物监控以菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母等微生物指示菌为主， 主要是出于以下几种考虑：
能够被快速、简易的方法检出。
易与其他食品微生物种群（不涉及安全的）区分。
与其指示的目标菌存在恒定的关联。
菌体数量与目标菌数量存在相关性。
在目标菌存在时，指示微生物也存在。
繁殖条件和繁殖速度应与目标菌相似，或者更易于繁殖。
死亡速度至少与目标菌同步，最理想的情况是指示菌的死亡过程比目标菌更持久一些。
在食品不含目标致病菌时，指示微生物也应该不存在，或者仅存在极小的量。
指示菌是指在常规产品检测中，用以指示检验样品卫生状况的指示性微生物。
检验指示菌的目的，主要是以指示菌在检品中存在与否以及数量多少为依据，对照国家卫生标准，对检品的加工卫生状况作出评价。
指示菌可分为三种类型：
评价被检样品总体卫生质量的指示菌，最常用的是菌落总数。
粪便污染的指示菌。主要指大肠菌群、大肠杆菌，其他还有肠杆菌科细菌、粪大肠菌群、肠球菌等。它标志着检品可能受过人、畜粪便的污染，而且有肠道病原微生物存在的可能性。
其他指示菌。包括霉菌和酵母菌数，某些特定环境不能检出的菌类，如特定菌、某些致病菌或其他指示性微生物。
2、监控区域的设置
目前，对监控区域的设置常采用的方法主要是以根据风险水平将工厂分成几个等级的卫生区域的方法来确定监控区域。
在《GB 17403-2016 食品安全国家标准 糖果巧克力生产卫生规范》也有对这方面内容做一定的说明，我们在制定环境微生物监控区域时，可以进行适当的参考。
根据生产环境中沙门氏菌和其他微生物对产品的污染风险,取样点可以分为三级：
第一级区域包括生产线的产品直接曝露位置及其邻近区域,或其他裸露食品的直接接触面；
第二级区域指与第一级区域邻近,但不靠近曝露的产品或不会直接影响产品的区域；
第三级区域是指远离生产线和产品曝露位置的区域,该区域无需常规监控。
具体为：
3、监控指标的设置
在了解监控指标前，我们先说下取样和检测的方法:环境监控通常以涂抹取样为主，目前企业采用的方法多以参考《GB 15979-2002 一次性使用卫生用品卫生标准》以及其他一些洁净厂房的标准中规定的取样方法进行。
通常情况下,监测卫生指示菌时,涂抹面积为10cm×10cm；监测致病菌时,涂抹面积为50cm×50cm。
而对于监控指标，大部分食品标准中并未明确规定说明具体指标，《GB 14881-2013食品生产通用卫生规范》中要求为结合生产实际情况确定监控指标限值。有部分企业以参考《GB 15979-2002 一次性使用卫生用品卫生标准》以及其他一些洁净厂房的标准中的一些要求来进行规定。
《GB 15979-2002 一次性使用卫生用品卫生标准》要求
但我们需要注意的是，不能单纯的以这一类标准进行规定，需要结合加工车间的净化等级以及我们产品的卫生指标来考虑。
