同位素比值分析
同位素比值法是目前最常见的溯源方法，生物体在生长发育过程中，不断经历与外界环境进行交互的过程。在此过程中受气候、环境生物代谢等因素的影响，发生同位素分馏现象，使得不同物种中同位素的丰度不同。因此同位素可作为溯源和鉴别的指示物应用于溯源研究中。
Bettinam等研究干牛肉和鸡胸肉的地理溯源，使用Ｏ和Sr同位素作为指示物,结果表明，加工过程对牛肉的同位素影响较小，Ｏ同位素能很好的作为两种食品的标记指示物，而使用Sr同位素对两种食品的甄别效果较差。Camin等研究了欧洲地区羔羊肉的同位素特征，使用Ｈ、Ｃ、Ｎ和Ｓ同位素作为指示物,结果表明，结合４种同位素能一定程度上分析欧洲地区羔羊肉的差异，鉴别准确度可达到78％。
肉食品的同位素含量与周围的环境关系密切，如果环境条件类似（如饲料种类、生长环境），同位素比值法难以区分不同的肉食品来源，因此需要采用其他方法进一步分析。
元素含量分析
元素含量也是具有代表性的地域指标，生物的组织能在生长过程中从周围生活的环境中累积各种矿物元素，从而造成不同地域来源的生物体中元素含量具有差异性。因此也能作为一直溯源指示物进行分析。
Kiｍ使用了多种元素含量分析了来自６个国家的猪肉，结果表明使用痕量元素溯源不同国家的猪肉有着较好前景。Iguchi研究了４个国家的蛤蜊溯源实验，其分析了14种痕量元素作为指示物,结果表明，区别不同国家的文蛤需要用不同的痕量元素作为指示物，并且识别准确度最低为82％。
和同位素比值分析相比，元素含量分析需要对更多的指示物做分析，且鉴别不同来源的肉食物需要挑选不同的元素成分，因此用元素含量分析也存在一定的局限性。
营养成分分析
食品的营养成分主要包括蛋白质、脂肪、碳水化合物等物质，食品的营养含量随着营养级而富集，近年来，许多研究发现营养成分中的氨基酸与脂肪酸也具有地域性的特征，也能作为指示物用于食品溯源和鉴别。Melladogonzalez研究了山羊脂肪酸增加的最佳饲料的实验，选取了３种喂养体系下山羊脂肪作为研究对象,结果表明Ｃ18:2和 Ｃ18:3两种脂肪酸在３种体系中的差异最为明显。Busetto研究了用同位素和脂肪酸鉴别野生家养比目鱼的实验，其结果表明18:2ｎ-６脂肪酸和Ｎ同位素是鉴定比目鱼是否野生的重要指示物。
处于同一营养级的不同生物可能具有相同的营 养含量，此时用营养成分分析效果不显着。此外，和元素含量分析法类似，在做同种食品的溯源时，地域的差异性会导致需要挑选不同的营养成分进行比较，这是营养成分分析方法的局限性。
多因素综合分析
上述介绍的３种溯源或者鉴别的方法都有自己适用的应用范围，因此可将几种方法合并，结合数据分析方法（如LDA分析、ANOVA分析），同时分析或者依次分析肉食品的来源，使溯源达到更高的准确度。
Zhao研究了多元素分析和稳定同位素法综合分析鸡肉来源的实验，实验采用了Ｃ、Ｎ两种同位素和12种矿物元素,结果表明，采用综合分析的方法可以很好地对鸡肉进行溯源，并且相比于单用一种分析方法，多因素综合分析的方法准确度更高。
多因素综合分析的方法在单种分析方法的甄别准确度不够时可考虑使用，但在溯源和鉴别时需要测试更多的指示物，因此所产生的工作量更重。从而，在实际溯源实验时，需要在成本和效果上权衡，选择最佳的溯源方法。
