玉米黄质在食品工业中作为着色剂使用，主要应用于氢化植物油和糖果。玉米蛋白是玉米黄质的理想来源，可以不经分离直接用于饲料，有助于三黄鸡和蛋黄的"着色"。玉米黄质除了良好的着色效果，在保健方面也有重要意义。研究指出，玉米黄质具有抗氧化、预防老年黄斑病变及白内障、减少心血管疾病发生率等，2016年9月，美国FDA对玉米黄质（提取自万寿菊）的GRAS认证申请没有异议，确认了玉米黄质在功能型食品和饮料中广泛应用的安全性。
2016年9月18日，原国家卫计委发布了《新食品原料玉米黄质公开征求意见》，征求意见指出，每日的服用限量≤4mg/天。时隔9个月之后卫计委就发布了《乳木果油等10种新食品原料的公告》，然而公告中并没有玉米黄质的名称，随后在国家卫计委数据库中也并没有查到玉米黄质的相关信息，而是采用了玉米黄质的化学分子结构名称 (3R,3R)-二羟基-β-胡萝卜素，这对很多想使用的企业产生困扰。据内部人士分析，之所以没有采用玉米黄质主要有两个原因， 首先是来源问题，(3R,3R)-二羟基-β-胡萝卜素来源是万寿菊，如果命名为玉米黄质会对公众造成误导。另一个原因是，玉米黄质申报时的工艺产生的产物是混合物，玉米黄质是主要成分。鉴于以上原因，出于技术和安全性考虑，则采用了纯产物名称。
玉米黄质在食品工业中的应用多样化。除了着色剂，其抗氧化作用也同样得到认可，玉米黄素可以延缓食品中脂质和维生素的氧化损失，减少其他化学抗氧化剂的使用。在果汁饮料中添加可以改善色泽，提高品质。
玉米黄质在保健食品开发方面具有广阔空间，玉米黄质在护眼方面的功能可以重点开发。万寿菊提取物含有叶黄素、叶黄素酯、玉米黄质等极具护眼功能的成分，可以结合源头开发护眼保健食品，比如功能饮料。随着用眼环境的极具恶化，眼睛防护已经到了刻不容缓的地步，功能饮料的加入可以让消费者在不知不觉中起到护眼作用。国内含有玉米黄质的保健食品在被批准之前就已存在）。
玉米黄质来源丰富，金盏菊、玉米、桔皮等都含有丰富的玉米黄质，虽然此次批准的是万寿菊来源的玉米黄质，随着市场需求的增多，其他来源审批也将很快提上日程，产量巨大的玉米蛋白或许是下一个来源。
