该收购案因其涉及到的国家安全因素在美国国内饱受争议。有人士指出，中国国有企业在美国农业上再下赌注对美国来说值得警惕。然而，这次收购在中国国内引发的争论则更为激烈：先正达在转基因粮食生产领域是领军人物，而中化集团的收购被看作是因中国政府看中先正达转基因种子的专利价值导致的结果。然而，中国民众对于转基因粮食的反对十分强烈。《中国日报》最近发布的一项调查表明，84%受访者都认为转基因粮食存在安全隐患。并且，转基因在中国本土是被禁止用于粮食种植的。
中国政府已经开展了大幅宣传以改变国内现状。理论上理解转基因作物为什么能够改变中国农业的现状很简单：中国的农民普遍来说文化程度较低，并且多以家庭为单位进行生产。他们过度给粮食施肥洒药，造成了土地退化和水污染。2007年，广东省的农民在每公顷土地上施肥达到310千克，这是美国土地施肥量的6倍。专家称，这种过度施肥的方式导致60%至70%的农药遭到浪费，直接结果就是水污染的发生。如此看来，天然高产并抗虫害的转基因作物对中国的吸引力不会消失。
中国在20世纪80年代就开始了对于转基因技术的投入，截至今天，国家已雇佣了1万名科学家研究此领域的议题。“传统种植业在中国的应用局限很多。”在转基因领域已进行了三年研究的中国农业科学院教授黄大方表示，“近年来，气候变化也阻碍了农业的发展。”
尽管如此，中国民众依然将转基因与食品安全隐患联系在一起。近年来镉大米、假鸡蛋以及有毒的婴幼儿奶粉事件的发生，使得中国政府没有足够的社会资本来劝服人民群众、让他们相信转基因作物是无害的。遭到环保组织举报的中国东北部转基因作物的非法种植更使得民愤加剧，这些充满防备的民众认为有人在暗地里对他们的粮食搞破坏。“（转基因）污染的范围着实让人震惊。”粮食与农业运动的带头人说道。
但转基因作物还是通过一些渠道最终来到了中国：中国进口的一大部分大豆都是转基因大豆，中国本土种植的棉花绝大多数也是转基因的。但这依然难以动摇中国民众，他们对转基因食品的批判此起彼伏。对于中国政府来说，CFIUS的批准或许并不是最后一层考验。
