食品酿造
食品酿造是红曲的传统用途，用于酿酒（如红曲酒）、酿醋（如红曲醋）、发酵食品（如红腐乳）、腌制肉制品（如红蛤蜊酱、红鱼）等，随着红曲功能价值不断被发现，也用于红曲功能食品的酿造。
着色作用
红曲色素是红曲代谢过程中产生的一系列聚酮化合物的混合物，是最早被工业化应用的产品，也是目前常用的食品着色剂，其优势有：
1、安全性高，红曲红的毒性试验已证明其有极高的安全性，因此在绝大多数产品中都无限量要求；
2、稳定性高，红曲色素是天然色素中的一员，天然色素往往稳定性较差，尤其不耐高温，而红曲色素在稳定性方面虽然不及合成色素，但在100℃时仍然表现出较好的稳定性，超过100℃时才呈现出显着的褪色效应。
改善营养
红曲霉代谢过程中能够产生多种酶系，能有效分解底物中的蛋白质、淀粉等大分子物质，促进多肽、氨基酸、低聚糖等小分子物质的生成，能起到改善营养的作用。红曲霉含有一种具有保健活性的成分-辅酶q10，是一种存在于自然界的脂溶性醌类化合物，具有显着的抗氧化性，其在提取红曲色素后的红曲菌丝体中大量存在，因此也用于辅酶q10的提取。
维持骨健康
研究发现，红曲能够起到增强骨骼、提高骨密度的作用，其作用源于含有的麦角固醇和促进了人骨成型蛋白2(BMP-2)的表达。麦角固醇是维生素D2的前提物质，在体内可转化为维生素D2，能够促进人体对钙的吸收，起到强化骨骼的作用；BMP-2是成骨细胞的转化因子，红曲能够提高BMP-2的表达，从而促进骨细胞增殖。
降低血脂
高胆固醇是高血脂的主要病因，红曲能够有效降低血液中胆固醇的含量，起到降低血脂的作用。降血脂也是红曲的主要功能体现，目前保健食品中有60余款以红曲为主要原料的保健食品，降血脂是唯一功能特征。
20世纪70年代，日本东京农工大学Endo教授在红曲霉菌中提取发现了一类能够抑制胆固醇合成的物质，就是现在所说的他汀类物质，是目前常用的降血脂药物，主要通过抑制肝 脏内HMG-CoA还原酶的活性，来减少胆固醇的合成，红曲的降脂作用正是因为含有这样一种化学成分-洛伐他汀，其是红曲保健食品的主要特征成分。
红曲保健品在降低血脂方面有显着的优势，首先是天然性，红曲的功效成分确切，而其主要成分洛伐他汀在药品上又有临床应用，因此其含有的天然洛伐他汀具有明显应用优势。其次，红曲资源丰富、成本低廉，且红曲保健品中的洛伐他汀处于安全剂量，既能起到保健功效，还能降低高剂量洛伐他汀带来的副作用。总之，红曲保健食品在降脂方面具有得天独厚的优势，未来具有可观的市场容量和发展潜力。
