埃及与欧盟之间签署的伙伴关系协定在2004年正式生效，经过12年的过渡期将建立自由贸易区。欧盟与埃及贸易从2004年的118亿欧元增至2012年的239亿欧元。2013年埃及与欧盟贸易约占埃贸易总额的22.9%。但2016年前4个月，埃及从欧盟进口为57.2亿欧元，低于2015年同期水平（67.37亿欧元）。
2015年12月埃贸工部长塔里克·卡比勒宣布只有在埃进出口控制总局（GOEIC）登记注册企业，其产品才可出口埃及。2016年3月该政策正式实施。欧盟对此强烈关注，要求埃及废除此项贸易限制性政策，埃方表示拒绝。欧盟驻埃大使James Moran表示，欧盟将通过直接对话的形式解决这一问题，但如果对话不能取得成效，将向世界贸易组织提出抗议。埃工贸部长表示埃实施注册制符合世界贸易组织规定并已将此项措施事先告知世贸组织。埃有权采取法律行动来保护埃经济。
