世界上最普遍接受且最流行的发酵饮料是酸奶，乳制品也是现阶段最广泛应用的益生菌载体。然而，世界上有2%-3%的人群对乳蛋白过敏，且乳制品中的高脂肪和高胆固醇含量不利于糖尿病、高血压、高血脂等慢性疾病人群的健康，因此，研发、推广和普及新的发酵饮品是市场的需求和目前研究的热点。
目前为替代发酵乳饮料而做的研究多以大豆、谷物、水果、蔬菜为底物，其中果蔬的研究最为热门，一是由于果蔬本身含有丰富的维生素、矿物质、纤维等营养成分，二是发酵后果蔬的风味更丰富且较谷物和豆类更容易为消费者接受，三是发酵后果蔬的营养成分得到更好的保存乃至提高。大量研究表明，提高果蔬的摄入量不仅能改善整体饮食结构，还能有效降低罹患高血压、冠心病、中风、癌症、II型糖尿病等慢性疾病的风险。
天然发酵
传统发酵制品多采用天然发酵，利用原料本身附着的菌种或者利用上一轮发酵产品辅助进行发酵，其特点可归纳为“多菌培养、多酶作用、低温发酵、长期酿造”，在发酵过程中产生丰富多样的代谢产物，形成浓厚的感官风味。但发酵速度缓慢，不利于提高工业生产的效率；菌落组成复杂且不稳定，难以控制发酵程度和保证产品的稳定性。
乳酸菌发酵
乳酸菌是一组利用碳源发酵产乳酸的耐酸、无芽孢的杆状或球状革兰氏阳性细菌。常用于发酵果蔬的商业化菌种有植物乳杆菌、戊糖乳杆菌、乳酸乳球菌、粪肠球菌、明串珠菌等。乳酸菌发酵能保护及提高果蔬汁的营养价值，提升果蔬的感官风味，提高食品的保藏性能。
酵母发酵
酿酒酵母能将糖分转化为酒精，生香酵母和产酯酵母等能辅助改善酒的风味。经过酵母发酵后，果蔬汁的感官风味劣变程度较小，有一定的增香作用，风味柔和，可接受度高；发酵过程中果蔬的色泽无明显损失，甚至可能转化为更稳定的色素。酿制果酒能有效解决收获期果蔬过剩导致的资源浪费，还能进一步发酵生产果醋，通过果蔬深加工提高经济收益。
醋酸菌发酵
大量研究表明，果醋具有抗氧化、抑菌、抗癌、降压、降血脂、减肥等保健功能，这与其富含的醋酸、维生素、多酚、类黄酮等物质密切相关。在感官方面，果蔬汁和醋酸菌相辅相成。一方面，醋酸菌发酵产生的酸涩风味能突出原果蔬的特征风味；另一方面，果蔬中含有多种有机酸、醇类、醛类、酯类等使醋的风味更为丰富柔和。
益生菌果蔬饮品
除代谢产物外，发酵饮品中的益生菌也是重要的功能成分。根据世界卫生组织（WHO）的定义，益生菌是“当数量充足时，对宿主健康有益的活性微生物”，认为摄入益生菌有助于改善肠道微生态，可能减少患胃肠道疾病、过敏、心血管疾病、泌尿系统疾病等的风险。
